Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004249`

染色体: Chr07 坐标: 54924857-54933589 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004249`
名称	SmilChr07G004249
描述	beta-adaptin-like protein C
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	54924857 - 54933589 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994810`
GeneID	`130994810`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994810`
原始查询	`SmilChr07G004249`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	beta-adaptin-like protein C
产物	beta-adaptin-like protein C
Arabidopsis	`AT4G23460` (AT4G23460) Adaptin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828445] identity=86.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0355600` - identity=86.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0016192 (vesicle-mediated transport); GO:0030117 (membrane coat); GO:0030131 (clathrin adaptor complex); GO:0030276 (clathrin binding)
KEGG	smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01602 (Adaptin_N); PF02883 (Alpha_adaptinC2); PF02985 (HEAT); PF09066 (B2-adapt-app_C); PF12717 (Cnd1); PF13646 (HEAT_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994810

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	1.00000	`XP_057775862.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057775862.1`
3	Clathrin-coated vesicle	Clathrin-coated vesicle	0.80000	`XP_057775862.1`
4	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.80000	`XP_057775862.1`
5	Vesicle	囊泡	0.80000	`XP_057775862.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:54925009`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B20,C38,C50
`Chr7:54925069`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr7:54930082`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr7:54930089`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr7:54932351`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,A6,B110,B42,B43
`Chr7:54933055`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,C1,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775862.1

895 aa

448

895

Adaptin_N

HEAT_2

Cnd1

HEAT

Alpha_adaptinC2

B2-adapt-app_C

PF01602 Adaptin_N 14-534 aa PF13646 HEAT_2 98-152 aa PF12717 Cnd1 103-265 aa PF02985 HEAT 125-151 aa PF02883 Alpha_adaptinC2 676-773 aa PF09066 B2-adapt-app_C 785-893 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775862.1`	Pfam	`PF01602`	Adaptin_N	Repeat	14	534	2.7e-169	564.8	Adaptin N terminal region
`XP_057775862.1`	Pfam	`PF13646`	HEAT_2	Repeat	98	152	1.3e-13	51.7	HEAT repeats
`XP_057775862.1`	Pfam	`PF12717`	Cnd1	Repeat	103	265	2.2e-66	223.6	non-SMC mitotic condensation complex subunit 1
`XP_057775862.1`	Pfam	`PF02985`	HEAT	Repeat	125	151	1.2e-11	44.4	HEAT repeat
`XP_057775862.1`	Pfam	`PF02883`	Alpha_adaptinC2	Domain	676	773	7.5e-10	39.7	Adaptin C-terminal domain
`XP_057775862.1`	Pfam	`PF09066`	B2-adapt-app_C	Domain	785	893	8e-30	103.8	Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919879.1
AATCAGAGGCAACTGTGTTTCATTACCAGCGGGTCCAACCCACCACTCTGAATTCTTCAACTCTCTCTCTCTCTCCTCCGCTTCTGCTATATCTCTCTTCACCGCCGGAAGCAGAGGTTGGCTAAATTCGTCGAGATGAGCGGTCACGACTCCAAGTATTTCTCCACTACCAAAAAGGGTGAAATTCCCGAGCTCAAAGAAGAACTAAATTCCCAGTACAAGGATAAGAGAAAAGATGCAGTTAAGAAGGTGATTGCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994810
ATGAGCGGTCACGACTCCAAGTATTTCTCCACTACCAAAAAGGGTGAAATTCCCGAGCTCAAAGAAGAACTAAATTCCCAGTACAAGGATAAGAGAAAAGATGCAGTTAAGAAGGTGATTGCCGCAATGACAGTGGGGAAGGATGTTTCATCACTCTTTACAGATGTTGTGAATTGTATGCAAACAGAAAATTTGGAGCTAAAAAAGCTTGTGTATTTGTATCTCATCAACTACGCAAAGAGCCAGCCTGATCTTGCTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775862.1
MSGHDSKYFSTTKKGEIPELKEELNSQYKDKRKDAVKKVIAAMTVGKDVSSLFTDVVNCMQTENLELKKLVYLYLINYAKSQPDLAILAVNTFVKDSQDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCDPLQRCLKDDDPYVRKTAAICVAKLYDINAELVEDRGFLDALKDLISDNNPMVVANAVASLAEIQEHSSRPIFEITSHTLSKLLTALNECTEWGQVFILDALSKYKAVDAREAENIVERVTPRLQHANCAVVLSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器