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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004266

染色体: Chr07 坐标: 55071404-55074684 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004266
名称SmilChr07G004266
描述uncharacterized SmilChr07G004266
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向55071404 - 55074684 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994935
GeneID130994935
locus_tag-
NCBI NameLOC130994935
原始查询SmilChr07G004266

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0166600; species=rice; confidence=high
产物hit=Os04g0166600; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT1G19330 (AT1G19330)
histone deacetylase complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838515]
identity=57.1; qcov=0.964; evalue=1.32e-72; confidence=high
RiceOs04g0166600
-
identity=66.4; qcov=1.01; evalue=1.48e-96; confidence=high
GOGO:0000118 (histone deacetylase complex); GO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF13867 (SAP30_Sin3_bdg)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994935

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776095.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057776095.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057776096.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057776095.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776095.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:55072755 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,A8,B62,C19,C36
Chr7:55073868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr7:55073881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr7:55074076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr7:55074273 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 7 B105,B64,B7,B97,C24,D6,D9
Chr7:55074275 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B139
Chr7:55074275 ATT A 2bp_deletion CDS_variant 1 B139
Chr7:55074361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776095.1
245 aa
N
1
122
245
SAP30_Sin3_bdg
C
PF13867 SAP30_Sin3_bdg 166-204 aa
XP_057776096.1
229 aa
N
1
114
229
SAP30_Sin3_bdg
C
PF13867 SAP30_Sin3_bdg 166-220 aa
XP_057776097.1
228 aa
N
1
114
228
SAP30_Sin3_bdg
C
PF13867 SAP30_Sin3_bdg 166-219 aa
XP_057776098.1
221 aa
N
1
110
221
SAP30_Sin3_bdg
C
PF13867 SAP30_Sin3_bdg 158-212 aa
XP_057776100.1
220 aa
N
1
110
220
SAP30_Sin3_bdg
C
PF13867 SAP30_Sin3_bdg 158-211 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776095.1 Pfam PF13867 SAP30_Sin3_bdg Family 166 204 2.1e-13 51.0 Sin3 binding region of histone deacetylase complex subunit SAP30
XP_057776096.1 Pfam PF13867 SAP30_Sin3_bdg Family 166 220 5.9e-21 75.2 Sin3 binding region of histone deacetylase complex subunit SAP30
XP_057776097.1 Pfam PF13867 SAP30_Sin3_bdg Family 166 219 2.3e-21 76.5 Sin3 binding region of histone deacetylase complex subunit SAP30
XP_057776098.1 Pfam PF13867 SAP30_Sin3_bdg Family 158 212 5.5e-21 75.3 Sin3 binding region of histone deacetylase complex subunit SAP30
XP_057776100.1 Pfam PF13867 SAP30_Sin3_bdg Family 158 211 2.2e-21 76.6 Sin3 binding region of histone deacetylase complex subunit SAP30

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920114.1
ATGCATGACCCAGTCAACCGGTCACAAAAGCTGAGGCACAACACCGGCAATGAGGCTGCGGGCCCACTGCAATTTGGCAGTAGCAGGTCACTCCCCAATTATCCGTTCCTAAATGGCAGTTAGTCTGCATTTAATTCATGCTTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTCACTCTCCCACTCTCTCTCTACAATCCAATAAAACTCCCCCCTCTGAAACTTCCATTCCGTGGCACATATCTCTCAGATCCCTGCCAT...
XM_057920112.1
TTCATGCTTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTCACTCTCCCACTCTCTCTCTACAATCCAATAAAACTCCCCCCTCTGAAACTTCCATTCCGTGGCACATATCTCTCAGATCCCTGCCATTTTTCATATTCAATTGGATCACCTCCTGTCGATCACTTTCTCTCTCTAGGATCCTGCTCCTCCCGTCGCTGTCCGTACAGCATTTCTCTGGAGAGTTAAGGTTTTTCCATAGCTACTGAAAGGGATAGATATTA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130994935
ATGCTGGAAACGGAGTCTTGTCCTTCACGGGTTTTATCACCATTCCGCGAGGAGAGTGGGGACGAGGAGCTCTCTGTTCTTCCGAGGCATACGAAGGTTATTGTGACTGGGAATAATAGAACAAAGAGTGTTCTGGTGGGGCTGCAAGGCGTTGTCAAGAAGGCAGTTGGCCTTGGTGGATGGCATTGGCTGGTTTTGAAGAATGGGGTTGAGGTCAAGCTCCAAAGGAATGCTTTGAGTGTGTTGGAACCTCCAACTGG...
LOC130994935
ATGCTGGAAACGGAGTCTTGTCCTTCACGGGTTTTATCACCATTCCGCGAGGAGAGTGGGGACGAGGAGCTCTCTGTTCTTCCGAGGCATACGAAGGTTATTGTGACTGGGAATAATAGAACAAAGAGTGTTCTGGTGGGGCTGCAAGGCGTTGTCAAGAAGGCAGTTGGCCTTGGTGGATGGCATTGGCTGGTTTTGAAGAATGGGGTTGAGGTCAAGCTCCAAAGGAATGCTTTGAGTGTGTTGGAACCTCCAACTGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057776095.1
MLETESCPSRVLSPFREESGDEELSVLPRHTKVIVTGNNRTKSVLVGLQGVVKKAVGLGGWHWLVLKNGVEVKLQRNALSVLEPPTGNEEDDDYDFDDSSSGSDIGGKDHHPFTSGFQFSKINKPRARYSRPWSPSPSMKSVNRSSCREVQFKCHTTQLRVNLSKLGTGSLWRYWRSFHLAHVSPNPTKEQLVNAIQQHFSSQVCIHSHTQTNKSIILFREFEILEKKLRNVTCCLCEYNTAACG
XP_057776096.1
MLETESCPSRVLSPFREESGDEELSVLPRHTKVIVTGNNRTKSVLVGLQGVVKKAVGLGGWHWLVLKNGVEVKLQRNALSVLEPPTGNEEDDDYDFDDSSSGSDIGGKDHHPFTSGFQFSKINKPRARYSRPWSPSPSMKSVNRSSCREVQFKCHTTQLRVNLSKLGTGSLWRYWRSFHLAHVSPNPTKEQLVNAIQQHFSSQQHVDEVQVIVDFIRAAKRLQPVVGIN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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