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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004279

染色体: Chr07 坐标: 55325945-55331404 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004279
名称SmilChr07G004279
描述uncharacterized SmilChr07G004279
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向55325945 - 55331404 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994851
GeneID130994851
locus_tag-
NCBI NameLOC130994851
原始查询SmilChr07G004279

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AP2/B3-like transcriptional factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836832]; symbol=AT5G66980; hit=AT5G66980; species=arabidopsis; confidence=weak
产物AP2/B3-like transcriptional factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836832]; symbol=AT5G66980; hit=AT5G66980; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT5G66980 (AT5G66980)
AP2/B3-like transcriptional factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836832]
identity=31.6; qcov=0.215; evalue=9.64e-11; confidence=weak
Rice-
-
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG-
PfamPF02362 (B3); PF02902 (Peptidase_C48)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994851

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775938.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057775939.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775938.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775938.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775938.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:55326466 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B87,C38,C43
Chr7:55326469 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C4,C43
Chr7:55326819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B110,B42,B43
Chr7:55326829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,B35
Chr7:55327100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:55327370 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr7:55327389 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B40
Chr7:55327389 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B40
Chr7:55327491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,C23,C3,C43,C58
Chr7:55327547 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C39
Chr7:55327729 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B70
Chr7:55327734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775938.1
552 aa
N
1
276
552
B3
Peptidase_C48
C
PF02362 B3 20-107 aa PF02902 Peptidase_C48 369-539 aa
XP_057775939.1
544 aa
N
1
272
544
B3
Peptidase_C48
C
PF02362 B3 20-107 aa PF02902 Peptidase_C48 361-531 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775938.1 Pfam PF02362 B3 Domain 20 107 2.5e-11 44.1 B3 DNA binding domain
XP_057775938.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 369 539 1.1e-07 32.7 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
XP_057775939.1 Pfam PF02362 B3 Domain 20 107 2.5e-11 44.1 B3 DNA binding domain
XP_057775939.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 361 531 1.1e-07 32.6 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919955.1
AAAGTTTTTGCAGGAACACTGCAAAAGTAAGGGAGAGAAGGCGGGAAAAATACTAGAAACGGAAACATGAGCAGTCTGAGAATCGAGAAAGATGGGAAGCTCGGCCCACGAGGAAACAAGTAAAGATGCAATCAATATCAACAAAACAAGAGACAAAATTAGGGGAATCACAACAAAGGAGGAGAAGAAGAAGGAAAAGAGAAGAGGTTTAGCTCACGAGAAACCAGAGGCTCCTAGAGAGAGAAAGAGAGAGATTCAGA...
XM_057919956.1
AAAAGTAAGGGAGAGAAGGCGGGAAAAATACTAGAAACGGAAACATGAGCAGTCTGAGAATCGAGAAAGATGGGAAGCTCGGCCCACGAGGAAACAAGTAAAGATGCAATCAATATCAACAAAACAAGAGACAAAATTAGGGGAATCACAACAAAGGAGGAGAAGAAGAAGGAAAAGAGAAGAGGTTTAGCTCACGAGAAACCAGAGGCTCCTAGAGAGAGAAAGAGAGAGATTCAGAGGTGGTTTCATTCTTCACCATT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994851
ATGTCGGGACAGGCCTTCCGACCGGAAAATCCTCATTTTGTGTGGAGAGTAACAGAAGAAAAAAGGAGGAGGCTGATTCTCCCAAGAACAGTAATAAAAACTTACAATCTTAAGATCCCAAATATCATATCCCTCGTCGATGAAAGTGGGAAAAAATGGGAAACAGAAATCTTAAAGAGGCGTAACGGGGACTTGGCGTTTCCCGAGTCTTTATGGCGAAGTTTGTGTGATGCGAATCTCATTGAGATTGGTGATAGATG...
LOC130994851
ATGTCGGGACAGGCCTTCCGACCGGAAAATCCTCATTTTGTGTGGAGAGTAACAGAAGAAAAAAGGAGGAGGCTGATTCTCCCAAGAACAGTAATAAAAACTTACAATCTTAAGATCCCAAATATCATATCCCTCGTCGATGAAAGTGGGAAAAAATGGGAAACAGAAATCTTAAAGAGGCGTAACGGGGACTTGGCGTTTCCCGAGTCTTTATGGCGAAGTTTGTGTGATGCGAATCTCATTGAGATTGGTGATAGATG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775938.1
MSGQAFRPENPHFVWRVTEEKRRRLILPRTVIKTYNLKIPNIISLVDESGKKWETEILKRRNGDLAFPESLWRSLCDANLIEIGDRCICEFIDEQSGLSIFVRISRAPKLTRKKDAEEKEVEQIHKESLHENNWDENGMQRSILDGKQKLNSASSSTHVRRCLRKKNASGGKKGFEEEKCAKTDKETVPSGNDCNESGTKMNISKAKRKLKSPSPHEPVRRRARKDETFDRRKDIEEEKIKQIEEETMYLDPPKERQWKT...
XP_057775939.1
MSGQAFRPENPHFVWRVTEEKRRRLILPRTVIKTYNLKIPNIISLVDESGKKWETEILKRRNGDLAFPESLWRSLCDANLIEIGDRCICEFIDEQSGLSIFVRISRAPKLTRKKDAEEKEVEQIHKESLHENNWDENGMQRSILDGKQKLNSASSSTHVRRCLRKKNASGGKKGFEEEKCAKTDKETVPSGNDCNESGTKMNISKAKRKLKSPSPHEPVRRRARKDETFDRRKDIEEEKIKQIEEETMYLDPPKERQWKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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