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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004282

染色体: Chr07 坐标: 55363467-55369450 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004282
名称SmilChr07G004282
描述uncharacterized SmilChr07G004282
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向55363467 - 55369450 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994824
GeneID130994824
locus_tag-
NCBI NameLOC130994824
原始查询SmilChr07G004282

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述XH/XS domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838161]; symbol=FDM1; hit=AT1G15910; species=arabidopsis; confidence=low
产物XH/XS domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838161]; symbol=FDM1; hit=AT1G15910; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G15910 (FDM1)
XH/XS domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838161]
identity=49.2; qcov=0.351; evalue=3.91e-65; confidence=low
RiceOs01g0126600 (OsFDML2)
-
identity=50.4; qcov=0.351; evalue=2.98e-62; confidence=low
GOGO:0080188 (gene silencing by siRNA-directed DNA methylation)
KEGG-
PfamPF03469 (XH); PF29561 (DUF8566)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994824

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775882.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775882.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775882.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775882.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775882.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:55363714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B17,C80
Chr7:55363717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr7:55363726 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42
Chr7:55363777 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B70
Chr7:55363827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B23,B29,C15,C25
Chr7:55363945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B10,B5,C4
Chr7:55363994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C82
Chr7:55364522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr7:55364611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42
Chr7:55364943 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr7:55365250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B112,B88
Chr7:55365318 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 5 A22,B47,B81,C59,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775882.1
716 aa
N
1
358
716
DUF8566
XH
C
PF29561 DUF8566 126-328 aa PF03469 XH 584-714 aa
XP_057775883.1
696 aa
N
1
348
696
DUF8566
XH
C
PF29561 DUF8566 106-308 aa PF03469 XH 564-694 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775882.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 126 328 2.6e-48 165.2 Domain of unknown function (DUF8566)
XP_057775882.1 Pfam PF03469 XH Domain 584 714 6.8e-54 182.1 XH domain
XP_057775883.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 106 308 2.7e-48 165.2 Domain of unknown function (DUF8566)
XP_057775883.1 Pfam PF03469 XH Domain 564 694 7.9e-54 181.9 XH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919900.1
GCTGATAAAAATTATTCTTCTCCTCCGGTTTGAGGTTCGTATCAACGATTTACAGTCGACACACTCAATCGACTCCATTCATTTTGCTTGGGCTATGGTGCCGACAAAATCGAACCCACCCGTCAATGAGGGCGCAAACGTTGCCGGCTGTACAACAGAAAAATCAGTAACTATTGGAGAATCGAGCACAATGAGCATTGAAGGCGCTGCTCGTAAGCGAAAACACAAGGAATTGGCCACACGGAATGTGGGTGTGGTTA...
XM_057919899.1
GCTGATAAAAATTATTCTTCTCCTCCGGTTTGAGGTTCGTATCAACGATTTACAGTCGACACACTCAATCGACTCCATTCATTTTGCTTGGGCTATGGTGCCGACAAAATCGAACCCACCCGTCAATGAGGGCGCAAACGTTGCCGGCTGTACAACAGAAAAATCAGTAACTATTGGAGAATCGAGCACAATGAGCATTGAAGTGCGTACAAAACATAGGAATGATCAGAAATTGGCCGAATTTAAAACTGGTGTTGTCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994824
ATGGTGCCGACAAAATCGAACCCACCCGTCAATGAGGGCGCAAACGTTGCCGGCTGTACAACAGAAAAATCAGTAACTATTGGAGAATCGAGCACAATGAGCATTGAAGGCGCTGCTCGTAAGCGAAAACACAAGGAATTGGCCACACGGAATGTGGGTGTGGTTATTCGAGAGAATAATCATGTCGTAGCAGCGGCTGAAGATCTTTCTTCAGCCGCTGACACGAAGAAAATGCGCTATGAAAAAAGGAAGGCTGCTCT...
LOC130994824
ATGGTGCCGACAAAATCGAACCCACCCGTCAATGAGGGCGCAAACGTTGCCGGCTGTACAACAGAAAAATCAGTAACTATTGGAGAATCGAGCACAATGAGCATTGAAGTGCGTACAAAACATAGGAATGATCAGAAATTGGCCGAATTTAAAACTGGTGTTGTCGAAGGCGCTGCTCGTAAGCGAAAACACAAGGAATTGGCCACACGGAATGTGGGTGTGGTTATTCGAGAGAATAATCATGTCGTAGCAGCGGCTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775882.1
MVPTKSNPPVNEGANVAGCTTEKSVTIGESSTMSIEVRTKHRNDQKLAEFKTGVVEGAARKRKHKELATRNVGVVIRENNHVVAAAEDLSSAADTKKMRYEKRKAALVNYKKLVVKPAEDYPSLFTRTTPCALLKAIGEMNDLQQQSVVGLGFEHVLDLPIQDLPGKLSYWVLDSFNGRRCEVVLPDGRSIPVTEDDVRRVLGFPKGDRDMVLLNREENTGLYEQWKQLFPGKNPKNIKINEVKDAMLACVDGGRWFKIH...
XP_057775883.1
MVPTKSNPPVNEGANVAGCTTEKSVTIGESSTMSIEGAARKRKHKELATRNVGVVIRENNHVVAAAEDLSSAADTKKMRYEKRKAALVNYKKLVVKPAEDYPSLFTRTTPCALLKAIGEMNDLQQQSVVGLGFEHVLDLPIQDLPGKLSYWVLDSFNGRRCEVVLPDGRSIPVTEDDVRRVLGFPKGDRDMVLLNREENTGLYEQWKQLFPGKNPKNIKINEVKDAMLACVDGGRWFKIHFLIMVAHCLIESTSNGCVFP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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