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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004283

染色体: Chr07 坐标: 55371845-55377259 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004283
名称SmilChr07G004283
描述factor of DNA methylation 4-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向55371845 - 55377259 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994833
GeneID130994833
locus_tag-
NCBI NameLOC130994833
原始查询SmilChr07G004283

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述factor of DNA methylation 4-like
产物factor of DNA methylation 4-like
ArabidopsisAT1G15910 (FDM1)
XH/XS domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838161]
identity=50.4; qcov=0.385; evalue=2.01e-63; confidence=low
RiceOs01g0126600 (OsFDML2)
-
identity=50.6; qcov=0.383; evalue=2.61e-60; confidence=low
GOGO:0080188 (gene silencing by siRNA-directed DNA methylation)
KEGG-
PfamPF03469 (XH); PF29561 (DUF8566)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994833

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775898.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775898.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775898.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775898.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775898.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:55372357 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 12 A16,B100,B121,B130,B131,B27,B30,B49,B79,C28,C73,D7
Chr7:55372402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42
Chr7:55372410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B88
Chr7:55372476 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr7:55372478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:55372731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B93,C19,C77
Chr7:55372770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42
Chr7:55372804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42
Chr7:55373023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:55373069 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr7:55373896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,D6
Chr7:55373971 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 7 B133,B16,B6,C17,C67,C71,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775898.1
640 aa
N
1
320
640
DUF8566
XH
C
PF29561 DUF8566 61-258 aa PF03469 XH 507-638 aa
XP_057775899.1
640 aa
N
1
320
640
DUF8566
XH
C
PF29561 DUF8566 61-258 aa PF03469 XH 507-638 aa
XP_057775900.1
639 aa
N
1
320
639
DUF8566
XH
C
PF29561 DUF8566 60-257 aa PF03469 XH 506-637 aa
XP_057775901.1
639 aa
N
1
320
639
DUF8566
XH
C
PF29561 DUF8566 60-257 aa PF03469 XH 506-637 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775898.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 61 258 6.6e-48 163.9 Domain of unknown function (DUF8566)
XP_057775898.1 Pfam PF03469 XH Domain 507 638 1.1e-52 178.2 XH domain
XP_057775899.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 61 258 6.6e-48 163.9 Domain of unknown function (DUF8566)
XP_057775899.1 Pfam PF03469 XH Domain 507 638 1.1e-52 178.2 XH domain
XP_057775900.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 60 257 6.6e-48 163.9 Domain of unknown function (DUF8566)
XP_057775900.1 Pfam PF03469 XH Domain 506 637 1.1e-52 178.1 XH domain
XP_057775901.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 60 257 6.6e-48 163.9 Domain of unknown function (DUF8566)
XP_057775901.1 Pfam PF03469 XH Domain 506 637 1.1e-52 178.1 XH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091941.1
TAAAAACTTTTTTTTTTTTTACCGCCGAATCGTCTGCATCAGAAAATCAAATTCCGGATTTCCTTATGCGGCAATTACGATTTCATCAGTCTTTGAAGAGGAAAATCTACCGAATAGGAATGGGGAAGAAGTAATTGCAAGGTACGCAGTTGTTCACCGGTGAAAACTTGTTAGGGTTTTTCAAAAATTAGACGCGAAGAAGGAGATATAATCAAAGGAACGATGAGTGGTGAAAATAATCCAAGAAAATCATCGAAGGA...
XR_009091942.1
AAAAACTTTTTTTTTTTTTACCGCCGAATCGTCTGCATCAGAAAATCAAATTCCGGATTTCCTTATGCGGCAATTACGATTTCATCAGTCTTTGAAGAGGAAAATCTACCGAATAGGAATGGGGAAGAAGTAATTGCAAGGTACGCAGTTGTTCACCGGTGAAAACTTGTTAGGGTTTTTCAAAAATTAGACGCGAAGAAGGAGATATAATCAAAGGAACGATGAGTGGTGAAAATAATCCAAGAAAATCATCGAAGGAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130994833
ATGAGTGGTGAAAATAATCCAAGAAAATCATCGAAGGATGCATGTGATGCATCAGTTGCATCTCCTGCGAAGAAAAATGTTACGTGCACGCCATCTACAAGTCAGGCATGTTCAACAAAGGAAGTAGCTGGAGAACAAGAAACAGGTGATTTAAAAGAAATTCCGAGTCTTTCTACACTTGCATCTTTCTACGATAGAATACAAATGCTAAATGTTCCACAGAAGGCTGCGATAAGGGAGATGGGTTTCGGTAAAATACT...
LOC130994833
ATGAGTGGTGAAAATAATCCAAGAAAATCATCGAAGGATGCATGTGATGCATCAGTTGCATCTCCTGCGAAGAAAAATGTTACGTGCACGCCATCTACAAGTCAGGCATGTTCAACAAAGGAAGTAGCTGGAGAACAAGAAACAGGTGATTTAAAAGAAATTCCGAGTCTTTCTACACTTGCATCTTTCTACGATAGAATACAAATGCTAAATGTTCCACAGAAGGCTGCGATAAGGGAGATGGGTTTCGGTAAAATACT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057775898.1
MSGENNPRKSSKDACDASVASPAKKNVTCTPSTSQACSTKEVVAGEQETGDLKEIPSLSTLASFYDRIQMLNVPQKAAIREMGFGKILDLGIREIPGKLAYWTLDRFNSRSCAMELNDGLKLEITEDDVYRVFGFPKGEKKIDIFERRATNDLFKQWLDCFGCLSREKITLTNILDEMIATAHGGTWFRRHFLIAMAFALIESTTSGNILPFILNRLHDVNKVREWNWGEFVIRCLIDHKRSWSVDKSKVFKGPALFLVL...
XP_057775899.1
MSGENNPRKSSKDACDASVASPAKKNVTCTPSTSQACSTKEVVAGEQETGDLKEIPSLSTLASFYDRIQMLNVPQKAAIREMGFGKILDLGIREIPGKLAYWTLDRFNSRSCAMELNDGLKLEITEDDVYRVFGFPKGEKKIDIFERRATNDLFKQWLDCFGCLSREKITLTNILDEMIATAHGGTWFRRHFLIAMAFALIESTTSGNILPFILNRLHDVNKVREWNWGEFVIRCLIDHKRSWSVDKSKVFKGPALFLVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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