Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004311`

染色体: Chr07 坐标: 55672679-55674418 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004311`
名称	SmilChr07G004311
描述	uncharacterized SmilChr07G004311
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	55672679 - 55674418 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994874`
GeneID	`130994874`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994874`
原始查询	`SmilChr07G004311`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OsFbox646; symbol=OsFbox646; hit=Os12g0164300; species=rice; confidence=low
产物	OsFbox646; symbol=OsFbox646; hit=Os12g0164300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G12560` (CPR1) F-box and associated interaction domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826869] identity=28.1; qcov=0.47; evalue=4.17e-07; confidence=low
Rice	`Os12g0164300` (OsFbox646) - identity=26; qcov=0.544; evalue=1.77e-10; confidence=low
GO	GO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0031146 (SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF08268 (FBA_3); PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994874

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775972.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057775972.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057775972.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775972.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775972.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:55672979`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B68,C52
`Chr7:55673000`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	A3,B112
`Chr7:55673000`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	CDS_variant	2	A3,B112
`Chr7:55673053`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr7:55673082`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr7:55673127`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B119,B67,B71,B91,C16
`Chr7:55673201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:55673267`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	11	A24,B134,B140,B49,B56,B69,C29,C3,C64,C7,D8
`Chr7:55673275`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	11	A24,B134,B140,B49,B56,B69,C29,C3,C64,C7,D8
`Chr7:55673289`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr7:55673292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr7:55673336`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B9,C26,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775972.1

417 aa

208

417

F-box-like

F-box

FBA_3

PF12937 F-box-like 56-94 aa PF00646 F-box 56-96 aa PF08268 FBA_3 140-244 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775972.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	56	94	1.2e-06	28.9	F-box-like
`XP_057775972.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	56	96	2.6e-05	24.7	F-box domain
`XP_057775972.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	140	244	1.1e-08	35.2	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919989.1
AAAAGTTCGCTTGTATTTATTTGGATTTGGGCGGAAACCTGCTGCATTTATTTGGACCCACCGACCCACCGCTTGTAATTCATTTACTCCGCCGCCGCGTTCTACACACAATTCACCGGAAATCGAAAAGTTGAAATGCTTCGTCCGAAACTAGCCTCCCGCAAGCCGCCACCTCCACGGCGTTTCTGCACCGACGGCAGCGTTTCGGATCCCCATTCCGACATTCTTAGTAGAGATTCGATGAAAATTAGAAGTCGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994874
ATGCTTCGTCCGAAACTAGCCTCCCGCAAGCCGCCACCTCCACGGCGTTTCTGCACCGACGGCAGCGTTTCGGATCCCCATTCCGACATTCTTAGTAGAGATTCGATGAAAATTAGAAGTCGGGCTTATTATTCCCGGAGGGGTAAAAAGGGGATGCCAACAAACATAGAGTCCCTCCCCAAAGAGCTATTGTTCGAAATCCTCCTCCGTTTGCCGGCTGATCATCTCTACGAGAGAGCGAGGCTCGTGTGCCGGTGGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775972.1
MLRPKLASRKPPPPRRFCTDGSVSDPHSDILSRDSMKIRSRAYYSRRGKKGMPTNIESLPKELLFEILLRLPADHLYERARLVCRWWCHIIHSHAFINAQMHGATYGLLSPLDDNTLPLYVTATADGGIHTSELTYLSEMEVLATCNGLVLGLEDEGHHFRRLVIVNPATKQSFHLPPLPTGVAYDLQYGFAYSAASLAYKVIRQASVRHYEPHAQEDYGLDVLTVGVDESWRQVEVHHLPDHVRRRLLAKTPLTSEGFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器