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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004330

染色体: Chr07 坐标: 55862365-55863222 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004330
名称SmilChr07G004330
描述uncharacterized SmilChr07G004330
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向55862365 - 55863222 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994440
GeneID130994440
locus_tag-
NCBI NameLOC130994440
原始查询SmilChr07G004330

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=27.6; qcov=0.93; evalue=5.28e-26; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994440

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775465.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057775465.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057775465.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057775465.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775465.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:55862370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B5,B62,C69
Chr7:55862377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B47,B64,B86,D10
Chr7:55862389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A16,B130,B26,C62
Chr7:55862444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,B97
Chr7:55862467 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 42 A1,A14,A8,B10,B104,B11,B112,B114,B122,B128,B131,B137,B14,B16,B21,B22,B29,B3,B32,B40,B45,B47,B53,B59,B87,B93,C12,C14,C18,C22,C28,C3,C32,C4,C48,C52,C62,C67,C68,C7,C82,D5
Chr7:55862471 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 4 A22,B64,B73,C36
Chr7:55862471 A AC 1bp_insertion CDS_variant 4 A22,B64,B73,C36
Chr7:55862482 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 18 A14,A24,B13,B133,B27,B37,B42,B43,B50,B57,B63,B82,B90,B92,C31,C6,C74,C77
Chr7:55862489 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 61 A18,A19,A5,B10,B100,B107,B11,B127,B132,B14,B140,B25,B3,B39,B4,B44,B48,B54,B56,B58,B6,B60,B62,B69,B7,B70,B76,B79,B91,B95,B96,C18,C19,C2,C22,C23,C24,C25,C27,C34,C38,C39,C40,C43,C44,C47,C51,C52,C64,C65,C67,C71,C77,C78,C79,C83,D1,D11,D6,D7,D9
Chr7:55862496 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B122,B140,B68,D2
Chr7:55862506 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 4 B39,B91,C39,D6
Chr7:55862506 AC A 1bp_deletion CDS_variant 4 B39,B91,C39,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919482.1
ATGAGGGCCCCAGCCGACCAGAGGGACAGGTCCAAGTGGTGTGAGTTCCATGCAGACCATGGGCATCGGACAGAGGATTGCATCGCCCTCAGATTGGAAGTGGCCCACCTACTAAAACAAGGCCACCTCACCGATTACCTAACCGAGAAGGGCAAGCAGACCCTACAACAAGGAAGGGATAGACATGATGACCATAGAGAAGCTACACCGCCAATCCCACCATCTCATGAAAGAACCGTGAATGTCATATCTGGTGGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994440
ATGAGGGCCCCAGCCGACCAGAGGGACAGGTCCAAGTGGTGTGAGTTCCATGCAGACCATGGGCATCGGACAGAGGATTGCATCGCCCTCAGATTGGAAGTGGCCCACCTACTAAAACAAGGCCACCTCACCGATTACCTAACCGAGAAGGGCAAGCAGACCCTACAACAAGGAAGGGATAGACATGATGACCATAGAGAAGCTACACCGCCAATCCCACCATCTCATGAAAGAACCGTGAATGTCATATCTGGTGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775465.1
MRAPADQRDRSKWCEFHADHGHRTEDCIALRLEVAHLLKQGHLTDYLTEKGKQTLQQGRDRHDDHREATPPIPPSHERTVNVISGGSEVSGVTHSAAKKHTRQAMSNKAETNMPCQTASTLPTQTISFHTTESDKLLHPHHDALVISVFIANCLTKRVLIDNGSSANILFFDAFREMGLNESKIIKKSAVLIGFSGETKATMGEIDLPVYAEGVNQSTKFLVINAPSVFNVILGRPWIHDMEAVPSTYHQVIRFPTKWGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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