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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004332

染色体: Chr07 坐标: 55888268-55890061 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004332
名称SmilChr07G004332
描述beta-fructofuranosidase, insoluble isoenzyme CWINV3-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向55888268 - 55890061 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994952
GeneID130994952
locus_tag-
NCBI NameLOC130994952
原始查询SmilChr07G004332

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-fructofuranosidase, insoluble isoenzyme CWINV3-like
产物beta-fructofuranosidase%2C insoluble isoenzyme CWINV3-like
ArabidopsisAT3G13790 (ATBFRUCT1)
Glycosyl hydrolases family 32 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820591]
identity=62.4; qcov=0.477; evalue=7.14e-34; confidence=medium
RiceOs01g0966700 (OsCIN4)
-
identity=60.2; qcov=0.477; evalue=1.25e-34; confidence=medium
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG-
PfamPF00251 (Glyco_hydro_32N); PF08244 (Glyco_hydro_32C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994952

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057776146.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776146.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776146.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776146.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776146.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:55888409 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr7:55888414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A21,B25,B48,B60
Chr7:55888417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr7:55888444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr7:55888463 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B114
Chr7:55888527 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 4 A21,B120,B16,B25
Chr7:55888527 C CTA 2bp_insertion CDS_variant 4 A21,B120,B16,B25
Chr7:55888540 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr7:55889243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C64
Chr7:55889268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B123,B18,C76,D2
Chr7:55889636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B24,B52,B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776146.1
195 aa
N
1
98
195
Glyco_hydro_32N
Glyco_hydro_32C
C
PF00251 Glyco_hydro_32N 1-102 aa PF08244 Glyco_hydro_32C 113-177 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776146.1 Pfam PF00251 Glyco_hydro_32N Repeat 1 102 7e-33 115.2 Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain
XP_057776146.1 Pfam PF08244 Glyco_hydro_32C Domain 113 177 1.3e-14 55.3 Glycosyl hydrolases family 32 C terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920163.1
CAAAGCTATATGTTGCAGTTTTTTTTCCTAGTTACAAATGCTCAGTTATGCGCCCTTTCTTGAACTCTATGTAGTTTTGCATGAGAGTGTAATCTTTTCTCTTAGTTAATTATCATCTATCATGAGTGGAATCATCAAGCTCCCAAATGATCTCAGAGGCCTCATTTGGACAAGTTATGTCTTTTCTATGTTAGCTCTCTCTAGCTAAGGTTCATGTTTGCATTTCGTGTTTCACTTGCTACTCGGAATATATATATGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994952
ATGTACTACAATGGAGTCTACCACTTGTTCTATCAGTACAACCCATATGCTGCTGTGTGGGGAAACATTTCATGGGCACATTCGGTTTCTTACAACCTCGTTGACTGGATCCATCTCGAGCCCGCCCTCAATCCAACTGAGAGCTATGACATCAATGGCTGCTGGTCTGGCTCAGCCACACTTCTTGCAGGGGAAGGGAAGCCTCTCATTCTCTACACAGGCTCCGACTTTCTAGGCCATCAAGTTCAAAACCTTGCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776146.1
MYYNGVYHLFYQYNPYAAVWGNISWAHSVSYNLVDWIHLEPALNPTESYDINGCWSGSATLLAGEGKPLILYTGSDFLGHQVQNLAMPKDLSDQSRSSLQTPVKEAIFGSFLDVDPDQEISLRTLVDHSIVESFGGRGKSCITARVYPKLAISNNSHIYAFNYGAKSVAISSLVAWSMMRAQIAHFHTRRKSSIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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