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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004337

染色体: Chr07 坐标: 55921975-55927760 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004337
名称SmilChr07G004337
描述glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向55921975 - 55927760 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994795
GeneID130994795
locus_tag-
NCBI NameLOC130994795
原始查询SmilChr07G004337

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial
产物glycine dehydrogenase (decarboxylating)%2C mitochondrial
ArabidopsisAT2G26080 (GLDP2)
glycine decarboxylase P-protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817149]
identity=85.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0611900
-
identity=90; qcov=0.478; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004375 (glycine dehydrogenase (decarboxylating) activity); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0005960 (glycine cleavage complex); GO:0009941 (chloroplast envelope); GO:0016594 (glycine binding); GO:0019464 (glycine decarboxylation via glycine cleavage system); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding); GO:0048046 (apoplast)
KEGGsmil00260 (Glycine, serine and threonine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00630 (Glyoxylate and dicarboxylate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00670 (One carbon pool by folate - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00785 (Lipoic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02347 (GDC-P); PF21478 (GcvP2_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994795

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057775837.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057775837.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775837.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775837.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775837.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:55922164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B71
Chr7:55922227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B134,B31,C53,C62
Chr7:55922323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,D6
Chr7:55923112 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:55923328 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr7:55924074 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr7:55924170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr7:55924214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:55924235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr7:55924304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B75
Chr7:55924396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C57
Chr7:55924434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775837.1
1041 aa
N
1
520
1041
GDC-P
GDC-P
GcvP2_C
C
PF02347 GDC-P 84-510 aa PF02347 GDC-P 522-803 aa PF21478 GcvP2_C 854-975 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775837.1 Pfam PF02347 GDC-P Domain 84 510 2.4e-201 669.9 Glycine cleavage system P-protein
XP_057775837.1 Pfam PF02347 GDC-P Domain 522 803 2.4e-201 669.9 Glycine cleavage system P-protein
XP_057775837.1 Pfam PF21478 GcvP2_C Domain 854 975 6.5e-60 201.1 Glycine dehydrogenase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919854.1
CAACCCATTTCCATTTCCCACCACCCACTTCTTGTAACAGTAAAAAAATGAAATCTTTTTAGTGAGCGAAGCTGAAGCTCAGAGCTTTACACACAGGCAAAACCGAAACCACTCCGTTTTGCTTGAATTCAATCCCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGAAATGGAGCGCGCGAGGAAGCTAGCCAACCGTGCCATCCTCCGCCGCCTCGTCTCCGAATCGAAGCAGCAGCCATTGCACAACCAATCCTCGCGCTACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994795
ATGGAGCGCGCGAGGAAGCTAGCCAACCGTGCCATCCTCCGCCGCCTCGTCTCCGAATCGAAGCAGCAGCCATTGCACAACCAATCCTCGCGCTACGCCTCCTCCCTCTCCCCCAGCGTCGTGCAGGGCCGGAGCGCCGCCAATGCCTCCGCCGCCAACCACCGCTTCTACTCTCGAAACCTCGCCCAATTCGTCGGCACCCGCTCCATCTCCGTCGACGCCCTCAAGCCCAGCGACACCTTCCCGCGCCGCCACAACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775837.1
MERARKLANRAILRRLVSESKQQPLHNQSSRYASSLSPSVVQGRSAANASAANHRFYSRNLAQFVGTRSISVDALKPSDTFPRRHNSATPEDQSKMAEFVGFETLDSLIDATVPKSIRAGDMKFSIFDEGLTEAQMIEHMKDLASKNKVFKSFIGMGYYNTFVPPVILRNIMENPAWYTQYTPYQAEISQGRLESLLNYQTMVTDLTGLPMSNASLLDEGTAAAEAMAMCNNILKGKKKTFVIASNCHPQTIDVCKTRAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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