当前解析结果
SmilChr07G004346| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004346 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004346 |
| 描述 | calcineurin B-like protein 10 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 56004551 - 56008125 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994931 |
|---|---|
| GeneID | 130994931 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994931 |
| 原始查询 | SmilChr07G004346 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | calcineurin B-like protein 10 |
| 产物 | calcineurin B-like protein 10 |
| Arabidopsis | AT4G33000 (CBL10)calcineurin B-like protein 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829437] identity=66; qcov=0.961; evalue=5.84e-113; confidence=high |
| Rice | Os01g0711500 (OsCBL10)- identity=56.6; qcov=0.988; evalue=1.7e-99; confidence=high |
| GO | GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0019722 (calcium-mediated signaling); GO:0019900 (kinase binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13202 (EF-hand_5); PF13499 (EF-hand_7) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994931 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.60000 | XP_057776086.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057776086.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057776086.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057776086.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776086.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:56005283 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:56007466 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr7:56007816 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776086.1PF13202
EF-hand_5 119-138 aa
PF13499
EF-hand_7 152-220 aa
PF13202
EF-hand_5 199-223 aa
XP_057776087.1PF13202
EF-hand_5 118-137 aa
PF13499
EF-hand_7 151-219 aa
PF13202
EF-hand_5 198-222 aa
XP_057776088.1PF13202
EF-hand_5 117-136 aa
PF13499
EF-hand_7 150-218 aa
PF13202
EF-hand_5 197-221 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776086.1 |
Pfam | PF13202 |
EF-hand_5 | Domain | 119 | 138 | 1.4e-11 | 44.0 | EF hand |
XP_057776086.1 |
Pfam | PF13499 |
EF-hand_7 | Domain | 152 | 220 | 1.2e-16 | 61.5 | EF-hand domain pair |
XP_057776086.1 |
Pfam | PF13202 |
EF-hand_5 | Domain | 199 | 223 | 1.4e-11 | 44.0 | EF hand |
XP_057776087.1 |
Pfam | PF13202 |
EF-hand_5 | Domain | 118 | 137 | 1.4e-11 | 44.0 | EF hand |
XP_057776087.1 |
Pfam | PF13499 |
EF-hand_7 | Domain | 151 | 219 | 1.4e-16 | 61.3 | EF-hand domain pair |
XP_057776087.1 |
Pfam | PF13202 |
EF-hand_5 | Domain | 198 | 222 | 1.4e-11 | 44.0 | EF hand |
XP_057776088.1 |
Pfam | PF13202 |
EF-hand_5 | Domain | 117 | 136 | 1.4e-11 | 44.0 | EF hand |
XP_057776088.1 |
Pfam | PF13499 |
EF-hand_7 | Domain | 150 | 218 | 2.4e-16 | 60.6 | EF-hand domain pair |
XP_057776088.1 |
Pfam | PF13202 |
EF-hand_5 | Domain | 197 | 221 | 1.4e-11 | 44.0 | EF hand |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。