Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004354

染色体: Chr07 坐标: 56083165-56086216 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004354
名称SmilChr07G004354
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-3
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向56083165 - 56086216 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994811
GeneID130994811
locus_tag-
NCBI NameLOC130994811
原始查询SmilChr07G004354

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-3
产物putative late blight resistance protein homolog R1A-3
ArabidopsisAT5G43470 (RPP8)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834367]
identity=27.2; qcov=0.983; evalue=5e-65; confidence=low
RiceOs10g0358200
-
identity=28.1; qcov=0.853; evalue=3.08e-60; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994811

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057775863.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775863.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775863.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775863.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775863.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:56083442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,C7,C83
Chr7:56083444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr7:56083457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr7:56083458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C8
Chr7:56083491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,C71,C79
Chr7:56083538 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B122,C46,C76
Chr7:56083538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C46,C76
Chr7:56083549 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 D9
Chr7:56083549 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 D9
Chr7:56083563 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 26 A22,A8,B117,B122,B29,B46,B48,B57,B94,B97,C10,C15,C38,C46,C47,C48,C52,C55,C59,C7,C72,C76,C82,C9,D2,D5
Chr7:56083576 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 9 A15,B109,B47,C30,C43,C45,C78,C87,D10
Chr7:56083579 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 9 A15,B109,B47,C30,C43,C45,C78,C87,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775863.1
895 aa
N
1
448
895
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 169-332 aa PF23559 WHD_DRP 418-488 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775863.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 169 332 4.6e-37 128.0 NB-ARC domain
XP_057775863.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 418 488 5.8e-16 59.0 Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091939.1
TGGAATCATAATACCTGATTAGCTAATTGCCTTCTTTCACCTCTCAAATATTAGTATCAGATATTTTCATTCACACTTCCCATAAATATATATATTATTCAAAGTGTTAATCATGGCGGCTTACGGAGCTCTGGTTTCTCTTATGCATATCATAGATCGCCTTGAAAAACATCCTTCCCCTCCAATTTCTATCCACAAACAGCAAGTTGAATCTCTCACTCAAAATGTGACCTTCTTGCAGGAATTTCTTGATGCTTATA...
XM_057919880.1
TGGAATCATAATACCTGATTAGCTAATTGCCTTCTTTCACCTCTCAAATATTAGTATCAGATATTTTCATTCACACTTCCCATAAATATATATATTATTCAAAGTGTTAATCATGGCGGCTTACGGAGCTCTGGTTTCTCTTATGCATATCATAGATCGCCTTGAAAAACATCCTTCCCCTCCAATTTCTATCCACAAACAGCAAGTTGAATCTCTCACTCAAAATGTGACCTTCTTGCAGGAATTTCTTGATGCTTATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994811
ATGGCGGCTTACGGAGCTCTGGTTTCTCTTATGCATATCATAGATCGCCTTGAAAAACATCCTTCCCCTCCAATTTCTATCCACAAACAGCAAGTTGAATCTCTCACTCAAAATGTGACCTTCTTGCAGGAATTTCTTGATGCTTATATTTCCCCAGTTGTGGATGACCATGAGGCGGATCCATTGGAGCGTCGCATTGCTGATGCAGTTTATGCAGCTGAGGATGTCATCGAATCCCAAATTGTGCTTCAAATTCATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775863.1
MAAYGALVSLMHIIDRLEKHPSPPISIHKQQVESLTQNVTFLQEFLDAYISPVVDDHEADPLERRIADAVYAAEDVIESQIVLQIHNRSTIVGKMMSFINLFRALCKCTTIEEDFYQDLQQVIEEMNLIKMEAMEIAATAQLQRKVSSTHAGSSSTVKESIMVGFDDVLLQVLDKLTGGQLSRQIIPIMGMGGIGKTTLARHVFEHALVKEHFDICAWTTISQTYNVRETLSEVLFQASGDWGSNLSGGELGLQLFQYLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器