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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004372

染色体: Chr07 坐标: 56249733-56255450 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004372
名称SmilChr07G004372
描述replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向56249733 - 56255450 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994449
GeneID130994449
locus_tag-
NCBI NameLOC130994449
原始查询SmilChr07G004372

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D-like
产物replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D-like
ArabidopsisAT5G08020 (RPA70B)
RPA70-kDa subunit B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830696]
identity=21.8; qcov=0.545; evalue=7.29e-14; confidence=weak
RiceOs03g0214100 (OsRPA1)
-
identity=19.9; qcov=0.561; evalue=8.75e-09; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994449

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775474.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057775474.1
3 Telomere 端粒 0.80000 XP_057775474.1
4 Centromere 着丝粒 0.20000 XP_057775474.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775474.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:56250988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr7:56251461 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr7:56251694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr7:56251715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B102
Chr7:56251741 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr7:56251858 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B105
Chr7:56251858 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B105
Chr7:56251878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B26,B45,B61,B78,C54
Chr7:56251947 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr7:56251968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C45,C59,C80
Chr7:56251970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,C45,C59,C80
Chr7:56252082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C10,C47,C83,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919491.1
TGTTGCAAGATTTGATGGAAAACCAGTTATTGTTTGGTGGCAAAACAGTTGTTCTTGGTGGAGATTTTCGGCAAACTATACCAATTGTTCGAAGGGGTTCTCGTGAAGAGATAGTGGATGCTTGTTTGGTATATTCATCCATATGGCTTCTTATTCGAAAAATTCATTTGACACAGAATATGCGGGCAATGGAGGATCCTGTTTTTACAGATTTGTTATTGAGGGTTGGTGAAGGCATAGAGCCAAATGTTCGTGCTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994449
ATGGAAGAGCGTTTGATTCCAATGAATGAGATTCTCCCAGGAACGAAGGAATGGAAATGCAAGGTGAGAGTGATCAAGAAGCAAGAACCTAAGCAAGCTAACAATAATCCTAATAAATTTCAGAAATTAATCTTGGGTGATGGCTTGGGCCACACTCTTGATGCCGTGATATTCCATGATAATATAGATAGGTTCAAACATGTGCTTCAAGAGGGTAATGTTTACATGGTGAAAGGAGCCTATGTTTCTGATCCAAAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775474.1
MEERLIPMNEILPGTKEWKCKVRVIKKQEPKQANNNPNKFQKLILGDGLGHTLDAVIFHDNIDRFKHVLQEGNVYMVKGAYVSDPKQYRNPIVTCNYQWTFRKDTSVNEEPNDSIPAGGLSFRTTPSCEFHKFLSTKTLINTACVIIGTHEPRVVTVKGQGKVIREYAAIDTELETFVVTLWETSVSDEIYAKLEPISNRTPLLLLNFSVVPYYGLSLTTNAQSIVLDSSENEMLIELERWKQENEEAINMLVQTGGFFE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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