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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004382

染色体: Chr07 坐标: 56373937-56461533 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004382
名称SmilChr07G004382
描述heat shock factor protein HSF30-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向56373937 - 56461533 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994897
GeneID130994897
locus_tag-
NCBI NameLOC130994897
原始查询SmilChr07G004382

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heat shock factor protein HSF30-like
产物heat shock factor protein HSF30-like
ArabidopsisAT2G26150 (HSFA2)
heat shock transcription factor A2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817155]
identity=50.7; qcov=0.939; evalue=2.37e-114; confidence=high
RiceOs07g0178600 (HSFA2B)
-
identity=49.2; qcov=0.867; evalue=7.72e-100; confidence=high
GOGO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG-
PfamPF00447 (HSF_DNA-bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994897

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776001.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776001.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776001.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776001.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057776001.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:56374088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:56374172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr7:56374322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr7:56375141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,D6
Chr7:56375145 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,C8
Chr7:56375159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr7:56375180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B139,B31,C79,D11
Chr7:56375192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,D6
Chr7:56375195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,D6
Chr7:56375241 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr7:56375259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C17,C60,C9
Chr7:56375369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B36,B85,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776001.1
371 aa
N
1
186
371
HSF_DNA-bind
C
PF00447 HSF_DNA-bind 41-130 aa
XP_057776002.1
371 aa
N
1
186
371
HSF_DNA-bind
C
PF00447 HSF_DNA-bind 41-130 aa
XP_057776003.1
361 aa
N
1
180
361
HSF_DNA-bind
C
PF00447 HSF_DNA-bind 41-130 aa
XP_057776004.1
361 aa
N
1
180
361
HSF_DNA-bind
C
PF00447 HSF_DNA-bind 41-130 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776001.1 Pfam PF00447 HSF_DNA-bind Domain 41 130 3.3e-30 105.3 HSF-type DNA-binding
XP_057776002.1 Pfam PF00447 HSF_DNA-bind Domain 41 130 3.3e-30 105.3 HSF-type DNA-binding
XP_057776003.1 Pfam PF00447 HSF_DNA-bind Domain 41 130 3.2e-30 105.3 HSF-type DNA-binding
XP_057776004.1 Pfam PF00447 HSF_DNA-bind Domain 41 130 3.2e-30 105.3 HSF-type DNA-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091943.1
AACTTTCGACAACTGCTGCAGAAGATAGAGAGAGTGACTACAGTTGAGCACTTCAGCTCGGGAAACCATCGAGAAATCAAGAGCAAGAAAAGCTTCTCTTCTGGTGAATGGAAGGCGTGAAGGTGAAGGTGGAGGATGAGAACTCCGGCGGCGGAGCGCCGTCGTCGTCTTCTTCATCTTCTTCTCCGCAGCCGATGGAGGGGCTGCACGAAATGGGGCCTCCTCCGTTCCTGACGAAGACTTATGAAATGGTGGAGGAT...
XR_009091944.1
AACTTTCGACAACTGCTGCAGAAGATAGAGAGAGTGACTACAGTTGAGCACTTCAGCTCGGGAAACCATCGAGAAATCAAGAGCAAGAAAAGCTTCTCTTCTGGTGAATGGAAGGCGTGAAGGTGAAGGTGGAGGATGAGAACTCCGGCGGCGGAGCGCCGTCGTCGTCTTCTTCATCTTCTTCTCCGCAGCCGATGGAGGGGCTGCACGAAATGGGGCCTCCTCCGTTCCTGACGAAGACTTATGAAATGGTGGAGGAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130994897
ATGGAAGGCGTGAAGGTGAAGGTGGAGGATGAGAACTCCGGCGGCGGAGCGCCGTCGTCGTCTTCTTCATCTTCTTCTCCGCAGCCGATGGAGGGGCTGCACGAAATGGGGCCTCCTCCGTTCCTGACGAAGACTTATGAAATGGTGGAGGATCCTTCGACTGATGCGGTGATCTCGTGGAGCAAGGCGAAGAACAGCTTCATTGTGTGGGATTATCACAAATTCTCCACTTCTCTGCTCCCCAAATACTTCAAGCACAG...
LOC130994897
ATGGAAGGCGTGAAGGTGAAGGTGGAGGATGAGAACTCCGGCGGCGGAGCGCCGTCGTCGTCTTCTTCATCTTCTTCTCCGCAGCCGATGGAGGGGCTGCACGAAATGGGGCCTCCTCCGTTCCTGACGAAGACTTATGAAATGGTGGAGGATCCTTCGACTGATGCGGTGATCTCGTGGAGCAAGGCGAAGAACAGCTTCATTGTGTGGGATTATCACAAATTCTCCACTTCTCTGCTCCCCAAATACTTCAAGCACAG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057776001.1
MEGVKVKVEDENSGGGAPSSSSSSSSPQPMEGLHEMGPPPFLTKTYEMVEDPSTDAVISWSKAKNSFIVWDYHKFSTSLLPKYFKHSNFSSFIRQLNTYGFRKVDPDRWEFANEGFLGGQKHLLKTIKRRRNVMQGVVAQQAGGPCVELGHYGMDEELDRLRRDRNLLVSEIMKLKQQQQSSRQQVMAMEERLLDTERKQQQMLSFLAKAFKNPSFVQQYVDKYSNEKKNIEIGQKRRISMSPSVENLQDVATVSTGSNL...
XP_057776002.1
MEGVKVKVEDENSGGGAPSSSSSSSSPQPMEGLHEMGPPPFLTKTYEMVEDPSTDAVISWSKAKNSFIVWDYHKFSTSLLPKYFKHSNFSSFIRQLNTYGFRKVDPDRWEFANEGFLGGQKHLLKTIKRRRNVMQGVVAQQAGGPCVELGHYGMDEELDRLRRDRNLLVSEIMKLKQQQQSSRQQVMAMEERLLDTERKQQQMLSFLAKAFKNPSFVQQYVDKYSNEKKNIEIGQKRRISMSPSVENLQDVATVSTGSNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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