Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004386`

染色体: Chr07 坐标: 56412140-56413855 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004386`
名称	SmilChr07G004386
描述	putative F-box protein At3g52320
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	56412140 - 56413855 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994879`
GeneID	`130994879`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994879`
原始查询	`SmilChr07G004386`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative F-box protein At3g52320
产物	putative F-box protein At3g52320
Arabidopsis	`AT3G52320` (AT3G52320) F-box and associated interaction domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824397] identity=25.5; qcov=0.611; evalue=3.55e-10; confidence=low
Rice	`Os09g0448100` (OsFbox489) - identity=27.3; qcov=0.545; evalue=3.65e-11; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF08268 (FBA_3); PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994879

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775979.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057775979.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057775979.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775979.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775979.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:56412367`	`AG`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A13,B138,B25,C17,C87
`Chr7:56412394`	`CG`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A13,B138,B25,C17,C87
`Chr7:56412456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B105,B3,B60,B92,C82
`Chr7:56412471`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr7:56412487`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,D3
`Chr7:56412533`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr7:56412546`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A13
`Chr7:56412546`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A13
`Chr7:56412572`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr7:56412597`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B13,B47,B6,C67
`Chr7:56412605`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B122,C2,C82
`Chr7:56412605`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,C2,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775979.1

404 aa

202

404

F-box-like

F-box

FBA_3

PF12937 F-box-like 47-84 aa PF00646 F-box 48-86 aa PF08268 FBA_3 152-276 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775979.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	47	84	1.2e-08	35.3	F-box-like
`XP_057775979.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	48	86	1.5e-08	34.9	F-box domain
`XP_057775979.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	152	276	5.7e-07	29.6	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919996.1
AAAATAGAAAAGCTGAATGCCTCCGCGCCGCTGCTGCACCAACGGCAGGAATTCGGATGCCCATTCCGACATTCTTAGTAGAGAATCGATGTTACACATCAGAAGGCGGGCTTATTATGTCCCGAGGCGTAAAAAGGAGAGGCCAACAAATATGAAGTCCCTCCCCAAAGAGCTATTGTTCGAAATCCTCCTCCGATTGCCGGCCGATCATCTCTACCAGAGAGCGAGGCTCGTGTGCCGGCGGTGGTACCACATTATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994879
ATGCCTCCGCGCCGCTGCTGCACCAACGGCAGGAATTCGGATGCCCATTCCGACATTCTTAGTAGAGAATCGATGTTACACATCAGAAGGCGGGCTTATTATGTCCCGAGGCGTAAAAAGGAGAGGCCAACAAATATGAAGTCCCTCCCCAAAGAGCTATTGTTCGAAATCCTCCTCCGATTGCCGGCCGATCATCTCTACCAGAGAGCGAGGCTCGTGTGCCGGCGGTGGTACCACATTATCCATTCTCATGCCTTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775979.1
MPPRRCCTNGRNSDAHSDILSRESMLHIRRRAYYVPRRKKERPTNMKSLPKELLFEILLRLPADHLYQRARLVCRRWYHIIHSHAFINAQMHGATYGLLLSPLNDNHTLPLYVTADAYGGIHTSELNHIFKLGVLATCNGLVLELDDGDYQSRSLVIVNPATKQSFLLPPLPTGVAYSLDQYGFAYSAASLAYKVIAPYTVHHSPPHLEIDYGLDVLTVGVDESWRHVEVHHLPDHLRPFFDEAPLTSEGFLHWGSGRFC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器