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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004407

染色体: Chr07 坐标: 56700611-56701729 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004407
名称SmilChr07G004407
描述uncharacterized SmilChr07G004407
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向56700611 - 56701729 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994458
GeneID130994458
locus_tag-
NCBI NameLOC130994458
原始查询SmilChr07G004407

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450, family 78, subfamily A, polypeptide 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830858]; symbol=CYP78A7; hit=AT5G09970; species=arabidopsis; confidence=weak
产物cytochrome P450, family 78, subfamily A, polypeptide 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830858]; symbol=CYP78A7; hit=AT5G09970; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT5G09970 (CYP78A7)
cytochrome P450, family 78, subfamily A, polypeptide 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830858]
identity=59.6; qcov=0.244; evalue=2e-09; confidence=weak
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994458

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775484.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057775484.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775484.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775484.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775484.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:56701232 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B104
Chr7:56701232 CCT C 2bp_deletion CDS_variant 1 B104
Chr7:56701239 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B11,B140,C12,C14
Chr7:56701241 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 D4
Chr7:56701241 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 D4
Chr7:56701242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,B8
Chr7:56701260 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B104
Chr7:56701260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:56701267 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B36,B50,B57,B85
Chr7:56701346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr7:56701409 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 8 A18,B10,B14,B35,B51,C45,C50,C8
Chr7:56701428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919501.1
ATGGATGCATTGTTAATTCAGTGCACAAGTTACTTTCTCATTATGTATAGCCTTGATCCTTATAGTCGAAGTTGGCGCTGCAATCCTCTCTCTTCCCCCTGCGGCACCGCCTGGAAAAACGCCCACAATCGCACCGACGCCGTCGCCATCCCTGGCCGATGCGGCCTCTCCTGCTTCGGCAGCCTCCTCACCCTCAGCCGCGGCCTCGCGTTCCGCTCCCTCGCCTCCAACACTCCGCCCTCAACGCCACCGACCTCGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994458
ATGGATGCATTGTTAATTCAGTGCACAAGTTACTTTCTCATTATGTATAGCCTTGATCCTTATAGTCGAAGTTGGCGCTGCAATCCTCTCTCTTCCCCCTGCGGCACCGCCTGGAAAAACGCCCACAATCGCACCGACGCCGTCGCCATCCCTGGCCGATGCGGCCTCTCCTGCTTCGGCAGCCTCCTCACCCTCAGCCGCGGCCTCGCGTTCCGCTCCCTCGCCTCCAACACTCCGCCCTCAACGCCACCGACCTCGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775484.1
MDALLIQCTSYFLIMYSLDPYSRSWRCNPLSSPCGTAWKNAHNRTDAVAIPGRCGLSCFGSLLTLSRGLAFRSLASNTPPSTPPTSRTTPSAHPVYCSTAAAAHRHIAQPLPAQSQICNRTRNDGSGTRSSVAMGGEEAVFQRGISGVMQEIIRKEVRNYMVGMEMEKKGHYMQSDAMMINGVIKRMGMSKVD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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