Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004416`

染色体: Chr07 坐标: 56757941-56761009 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004416`
名称	SmilChr07G004416
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	56757941 - 56761009 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994813`
GeneID	`130994813`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994813`
原始查询	`SmilChr07G004416`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
产物	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
Arabidopsis	`AT1G59780` (AT1G59780) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842271] identity=26.4; qcov=1.01; evalue=4.69e-68; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=30; qcov=0.747; evalue=2.21e-64; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994813

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057775866.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057775866.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057775866.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057775866.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775866.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:56758345`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B34,C30,C32,D11
`Chr7:56758345`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B34,C30,C32,D11
`Chr7:56758379`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B137,B34,C24,C70
`Chr7:56758469`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,B64
`Chr7:56758501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B121,B34,B64,C30
`Chr7:56758513`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B137,B34
`Chr7:56758546`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,B99,C82
`Chr7:56758564`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B44,B96,B99,C56,C82
`Chr7:56758571`	`TTA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	10	B104,B22,B9,B95,C15,C20,C27,C30,C41,C42
`Chr7:56758721`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C2,C23,C73,C85
`Chr7:56758770`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D9
`Chr7:56758770`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775866.1

866 aa

433

866

NB-ARC

WHD_DRP

PF00931 NB-ARC 177-339 aa PF23559 WHD_DRP 425-492 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775866.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	177	339	2.3e-40	138.7	NB-ARC domain
`XP_057775866.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	425	492	1.1e-17	64.5	Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919883.1
GTGGCCAGACTTTGAGAATTCAGAATCATTAAGTCTCATCTTCATTCATACTGCTTCTGTCTGCAACTCCAAATCAACCATGGCGGCTTATGCAACTCTAGTTTCTGCTATGCATATCATTGATAACCTTCAACTTCATCCTTGCCCTCCTATTCCTCTCCATATTAAACAAGTTGAGTCTCTCACGCAAAAAATCAGTTTCTTGCTAGAATTTCTCCAATCCTATAATCCTCATCGTGTCTACTCCAATGAAGCGGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994813
ATGGCGGCTTATGCAACTCTAGTTTCTGCTATGCATATCATTGATAACCTTCAACTTCATCCTTGCCCTCCTATTCCTCTCCATATTAAACAAGTTGAGTCTCTCACGCAAAAAATCAGTTTCTTGCTAGAATTTCTCCAATCCTATAATCCTCATCGTGTCTACTCCAATGAAGCGGATCCCTTAGAAATTCGCATCGCAGATGCAGCTTATGCAGCCGAACACGCCATTGAATCTCATATTCTCGATGAGGAATGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775866.1
MAAYATLVSAMHIIDNLQLHPCPPIPLHIKQVESLTQKISFLLEFLQSYNPHRVYSNEADPLEIRIADAAYAAEHAIESHILDEECSIVSHIFDEVKNDGENMSFDGLYKALEKVIQDMASVEEEAKQIQGRVGVQHQLLRNSTPPHSLRSSSILQKRSSSLTPQSSMVGADDVKLQMKDKLTSRCRDLLIIPVVGMGGSGKTTLARTVYEERLIKEHFDICAWATISQEYSIREIFGVVLRQLHYAIDDNLSEDEVGEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器