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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004433

染色体: Chr07 坐标: 57025275-57026432 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004433
名称SmilChr07G004433
描述probable WRKY transcription factor 50
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向57025275 - 57026432 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995050
GeneID130995050
locus_tag-
NCBI NameLOC130995050
原始查询SmilChr07G004433

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable WRKY transcription factor 50
产物probable WRKY transcription factor 50
ArabidopsisAT5G26170 (WRKY50)
WRKY DNA-binding protein 50 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832686]
identity=84.3; qcov=0.405; evalue=1.38e-41; confidence=low
RiceOs05g0537100 (OsWRKY7)
-
identity=77.9; qcov=0.445; evalue=3.75e-41; confidence=low
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF03106 (WRKY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995050

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776183.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776183.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776183.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776183.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057776183.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:57025567 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B51,B95,C50,C61
Chr7:57025607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr7:57025630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,D10
Chr7:57025694 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B111,B84,B93,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776183.1
176 aa
N
1
88
176
WRKY
C
PF03106 WRKY 114-171 aa
XP_057776184.1
173 aa
N
1
86
173
WRKY
C
PF03106 WRKY 111-168 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776183.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 114 171 7.3e-26 90.9 WRKY DNA -binding domain
XP_057776184.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 111 168 6.8e-26 91.0 WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920200.1
TGAGTAACGGAGTCATTATCTACTTATCAACATTGAATCGAGAAGTGATGATGATGGTTAGGCCTCTCTTGGGCCCAAATCAAAATTCCTTAGCCACCACTTATAAGCAAATAAGAAGCAACCATGAAGCTTCTCTCTACATTATAGGAAGCTCACCAAGAAAAACCCCTCCCACTGAGCTCTCACTATCACACACACTTATATAGCAAACATCAATGGATGCTCAGTTGATGATCATGGCTGATGATCACAGCTACCCC...
XM_057920201.1
TAACGGAGTCATTATCTACTTATCAACATTGAATCGAGAAGTGATGATGATGGTTAGGCCTCTCTTGGGCCCAAATCAAAATTCCTTAGCCACCACTTATAAGCAAATAAGAAGCAACCATGAAGCTTCTCTCTACATTATAGGAAGCTCACCAAGAAAAACCCCTCCCACTGAGCTCTCACTATCACACACACTTATATAGCAAACATCAATGGATGCTCAGTTGATGATCATGGCTGATGATCACAGCTACCCCATCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995050
ATGGATGCTCAGTTGATGATCATGGCTGATGATCACAGCTACCCCATCAAGCCCGGCTCGTCTCTCGGCCAGGCCCACGAACCGGGCTTCGAGGTTTCAGATTTCTTTGAGTTCAACGACTGGATTGAGGAGGCCCCGTCGTTCTCTTCTCCTCTCTCCGCTGCTTCGTATGATTCTCAGAATCCGAGCTATACGCCTAATGCCGGCTCGAGTTGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTTTTCTTGAAGGGGCCATCAC...
LOC130995050
ATGGATGCTCAGTTGATGATCATGGCTGATGATCACAGCTACCCCATCAAGCCCGGCTCGTCTCTCGGCCAGGCCCACGAACCGGGCTTCGAGGTTTCAGATTTCTTTGAGTTCAACGACTGGATTGAGGAGGCCCCGTCGTTCTCTTCTCCTCTCTCCGCTGCTTCGTATGATTCTCAGAATCCGAGCTATACGCCTAATGCCGGCTCGAGTTGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTTTTCTTGAAGGGGCCATCAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057776183.1
MDAQLMIMADDHSYPIKPGSSLGQAHEPGFEVSDFFEFNDWIEEAPSFSSPLSAASYDSQNPSYTPNAGSSWSSSSSSSSFLEGAITMLSGDSGCGREKEKVAFKTKSEVEVLDDGFKWRKYGKKMVKNSPNPRNYYRCSVEGCPVKKRVERDNEDPLYVVTTYEGIHNHKGPHQV
XP_057776184.1
MDAQLMIMADDHSYPIKPGSSLGQAHEPGFEVSDFFEFNDWIEEAPSFSSPLSAASYDSQNPSYTPNAGSSWSSSSSSSSFLEGAITRDSGCGREKEKVAFKTKSEVEVLDDGFKWRKYGKKMVKNSPNPRNYYRCSVEGCPVKKRVERDNEDPLYVVTTYEGIHNHKGPHQV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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