当前解析结果
SmilChr07G004433| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004433 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004433 |
| 描述 | probable WRKY transcription factor 50 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 57025275 - 57026432 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995050 |
|---|---|
| GeneID | 130995050 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995050 |
| 原始查询 | SmilChr07G004433 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable WRKY transcription factor 50 |
| 产物 | probable WRKY transcription factor 50 |
| Arabidopsis | AT5G26170 (WRKY50)WRKY DNA-binding protein 50 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832686] identity=84.3; qcov=0.405; evalue=1.38e-41; confidence=low |
| Rice | Os05g0537100 (OsWRKY7)- identity=77.9; qcov=0.445; evalue=3.75e-41; confidence=low |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03106 (WRKY) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995050 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057776183.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776183.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057776183.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057776183.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057776183.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:57025567 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B13,B51,B95,C50,C61 |
Chr7:57025607 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B56 |
Chr7:57025630 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,D10 |
Chr7:57025694 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B111,B84,B93,C58 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776183.1PF03106
WRKY 114-171 aa
XP_057776184.1PF03106
WRKY 111-168 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776183.1 |
Pfam | PF03106 |
WRKY | Domain | 114 | 171 | 7.3e-26 | 90.9 | WRKY DNA -binding domain |
XP_057776184.1 |
Pfam | PF03106 |
WRKY | Domain | 111 | 168 | 6.8e-26 | 91.0 | WRKY DNA -binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。