当前解析结果
SmilChr07G004434| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004434 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004434 |
| 描述 | protein PLASTID MOVEMENT IMPAIRED 1-RELATED 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 57026529 - 57030970 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995049 |
|---|---|
| GeneID | 130995049 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995049 |
| 原始查询 | SmilChr07G004434 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein PLASTID MOVEMENT IMPAIRED 1-RELATED 1-like |
| 产物 | protein PLASTID MOVEMENT IMPAIRED 1-RELATED 1-like |
| Arabidopsis | AT5G26160 (AT5G26160)light-independent protochlorophyllide reductase subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832685] identity=32.7; qcov=1.01; evalue=1.7e-148; confidence=low |
| Rice | Os01g0714100- identity=37; qcov=0.318; evalue=1.12e-54; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10358 (NT-C2); PF21745 (PMI1_PMIR1-2_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995049 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057776182.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057776182.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057776182.1 |
| 4 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057776182.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776182.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:57026722 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr7:57026796 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,C25 |
Chr7:57026833 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr7:57026882 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,B23 |
Chr7:57026905 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B76,C27,C79,D6 |
Chr7:57026924 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B122,B133,B80,C56,C87 |
Chr7:57027123 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B84,C13 |
Chr7:57027163 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B67 |
Chr7:57027222 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C5,C54 |
Chr7:57027246 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B140,B65,C53 |
Chr7:57027466 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B13,B51,B61,C50,C61 |
Chr7:57027467 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B48,B66,B99 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776182.1PF10358
NT-C2 93-236 aa
PF21745
PMI1_PMIR1-2_C 692-837 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776182.1 |
Pfam | PF10358 |
NT-C2 | Domain | 93 | 236 | 1e-11 | 45.4 | N-terminal C2 in EEIG1 and EHBP1 proteins |
XP_057776182.1 |
Pfam | PF21745 |
PMI1_PMIR1-2_C | Domain | 692 | 837 | 4.8e-38 | 131.8 | PMI1/PMIR1-2, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。