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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004444

染色体: Chr07 坐标: 57079518-57080087 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004444
名称SmilChr07G004444
描述leucine-rich repeat extensin-like protein 3
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向57079518 - 57080087 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994469
GeneID130994469
locus_tag-
NCBI NameLOC130994469
原始查询SmilChr07G004444

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat extensin-like protein 3
产物leucine-rich repeat extensin-like protein 3
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994469

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057775495.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775495.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775495.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775495.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775495.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:57079556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B40
Chr7:57079770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B46,D7
Chr7:57079866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr7:57079903 CTA C 2bp_deletion frameshift_variant 26 A25,B117,B119,B120,B132,B140,B19,B46,B52,B55,B57,B58,B73,B87,C1,C20,C22,C29,C48,C5,C54,C66,C69,C78,C84,D4
Chr7:57080039 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B86
Chr7:57080039 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919512.1
ATGGCAAGAAACTACAACACACTCTCTCTGTTCATCATCATCATCTCTCTATCAATCTCCAAATCACACTCCCAAACAAACCTCCCATCTCCAAATCTACTATGCATTAGTGATTGCGAAACATGCCCCGTCATATGCTCTCCGCCGCCATCGCCGCCGTCGTCGCCGTCGTTGCCGCCGCCAAGTCCAAAACTTACACCGCCGAGTCCTAAACTTCCGCCGTTGCTGCCGCTGCCGCCGGAATCTCCACCGGCGCACCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994469
ATGGCAAGAAACTACAACACACTCTCTCTGTTCATCATCATCATCTCTCTATCAATCTCCAAATCACACTCCCAAACAAACCTCCCATCTCCAAATCTACTATGCATTAGTGATTGCGAAACATGCCCCGTCATATGCTCTCCGCCGCCATCGCCGCCGTCGTCGCCGTCGTTGCCGCCGCCAAGTCCAAAACTTACACCGCCGAGTCCTAAACTTCCGCCGTTGCTGCCGCTGCCGCCGGAATCTCCACCGGCGCACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775495.1
MARNYNTLSLFIIIISLSISKSHSQTNLPSPNLLCISDCETCPVICSPPPSPPSSPSLPPPSPKLTPPSPKLPPLLPLPPESPPAHRYSPPPQPYYYFTSPAPLSSPPPPPRSKPPPPSYTSLGGGATPTPPPPQVYAYNPGGNTAPGRNFSYPYYYFYAANAACGINIPYFHGSFIFVIIFVFFTNFV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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