Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004453`

染色体: Chr07 坐标: 57138897-57142677 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004453`
名称	SmilChr07G004453
描述	protein CLP1 homolog
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	57138897 - 57142677 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995064`
GeneID	`130995064`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995064`
原始查询	`SmilChr07G004453`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein CLP1 homolog
产物	protein CLP1 homolog
Arabidopsis	`AT3G04680` (CLPS3) CLP-similar protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819626] identity=70.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0217500` - identity=64.6; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0005849 (mRNA cleavage factor complex); GO:0006378 (GO:0006378); GO:0006388 (tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation); GO:0051731 (polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity)
KEGG	smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF06807 (Clp1); PF16573 (CLP1_N); PF16575 (CLP1_P)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995064

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776196.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057776196.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776196.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776196.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057776196.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:57139260`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B74,C78
`Chr7:57139260`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B74,C78
`Chr7:57139264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,C78
`Chr7:57139268`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,C76,D8
`Chr7:57139282`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,B131,B56,B96
`Chr7:57139297`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B77,C18,C63
`Chr7:57139447`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	A16,B139,B38,B39,B63,B7,B94,D5
`Chr7:57139459`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B48,B77,B8,C18,C63
`Chr7:57139858`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B14,B94,C34,C40
`Chr7:57139880`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr7:57140250`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	A15,B131,B56,B96
`Chr7:57140250`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	CDS_variant	4	A15,B131,B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776196.1

438 aa

219

438

CLP1_N

CLP1_P

Clp1

PF16573 CLP1_N 24-115 aa PF16575 CLP1_P 134-322 aa PF06807 Clp1 327-438 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776196.1`	Pfam	`PF16573`	CLP1_N	Family	24	115	7.7e-31	106.8	N-terminal beta-sandwich domain of polyadenylation factor
`XP_057776196.1`	Pfam	`PF16575`	CLP1_P	Domain	134	322	1.8e-69	234.1	mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1 P-loop
`XP_057776196.1`	Pfam	`PF06807`	Clp1	Family	327	438	1.6e-31	109.8	Pre-mRNA cleavage complex II protein Clp1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920213.1
GTAAAATTTTAAAACTGGGCTGTGTATATATTTGAAATAGAGCCATTTTAAACGTTTCTGGTTCGACCCCTAACGTCTCCGCCTCCCTACTATCGCCGCCGCCTCCCTCCGCCGGCGATGCACCTCCTTCCCTACTTACAGCCCTAGTCTTTTTCAGGAGCATGAAGGAATTACTGTAATTTGTTTATTCTTCGATTATATAACAAATACATCGAAACTTCTTCAAATGGCTTACGGCGGCCCCGCCGTAGCTCCGACCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995064
ATGGCTTACGGCGGCCCCGCCGTAGCTCCGACCGCTCCGCCGGGTAGCTCGGAAACAGTGAGGCAGGTGAAGCTGGACAAAGAATGTGAGCTGAGAGTTGAAGTCGGCCCCAATTTTCCTCTTCGCCTCCGCTTGCTCAGCGGCACCGCCGAGATTTTCGGAACGGAGATTCCGCCGGAGATTCGGCTCACGTTTCCTCCCGGGCACAAATTCGCTGTTTTTACCTGGTATGGCGCTATGATTGAAATTGATGGTACCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776196.1
MAYGGPAVAPTAPPGSSETVRQVKLDKECELRVEVGPNFPLRLRLLSGTAEIFGTEIPPEIRLTFPPGHKFAVFTWYGAMIEIDGTTETDYTADETPMISYINVHAVLDARRNRAKASPGDSDDSQGPRVIVVGPTDSGKSTLSRMLLSWAAKQGWKPTFVDLDIGQGSITIPGCIAATPIELPIDPVEGIPLDMPLVYFHGHVTPSANVELYKVLVKELAQVLDRQFAGNIESRAAGMVINTMGWIEGVGYELLLHAID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器