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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004462

染色体: Chr07 坐标: 57214044-57217040 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004462
名称SmilChr07G004462
描述hypersensitive-induced response protein 2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向57214044 - 57217040 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995070
GeneID130995070
locus_tag-
NCBI NameLOC130995070
原始查询SmilChr07G004462

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hypersensitive-induced response protein 2-like
产物hypersensitive-induced response protein 2-like
ArabidopsisAT5G62740 (HIR1)
SPFH/Band 7/PHB domain-containing membrane-associated protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836395]
identity=84.1; qcov=0.99; evalue=5.26e-180; confidence=high
RiceOs09g0361200 (HIRL2)
-
identity=82.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF01145 (Band_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995070

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057776203.1
2 Membrane raft 膜筏 0.20000 XP_057776203.1
3 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057776203.1
4 Endosome 内体 0.20000 XP_057776203.1
5 Endosome membrane 内体膜 0.20000 XP_057776203.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:57216811 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C55
Chr7:57216816 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr7:57216877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B2,C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776203.1
286 aa
N
1
143
286
Band_7
C
PF01145 Band_7 9-182 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776203.1 Pfam PF01145 Band_7 Domain 9 182 3.4e-27 96.3 SPFH domain / Band 7 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920220.1
TACGGAATACCGAGTTTTCGGTATATTTTTCCAGCCAATGTTTGTTCCCCTTTACTCTAACACAGCCTCAGTTCTCTCCAACCAGCAGCGCAGAACCCTTCCAAGTTTTTGAAGAATTTTCTGCCTAGAAGGTCTGAATAATGGGTCAAGCGCTCTGTTGTGTTCAAGTGGATCAGTCGACTGTTGGCATGAAAGAACAGTTTGGCAAGTATTGCGAAATTCTCGAGCCTGGCTGTCACTGTGTGCCTTGGTGTTTTGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995070
ATGGGTCAAGCGCTCTGTTGTGTTCAAGTGGATCAGTCGACTGTTGGCATGAAAGAACAGTTTGGCAAGTATTGCGAAATTCTCGAGCCTGGCTGTCACTGTGTGCCTTGGTGTTTTGGGTACCAATTGGCTGGTACGCTATCACTGCGCGTGCAACAGCTAGATGTTCGTTGTGAAACAAAGACGAAGGACAATGTGTTCGTTACTGTGGTTGCATCCATTCAATACCGGGCTGTGACAGAAAATGCAGCCGATGCCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776203.1
MGQALCCVQVDQSTVGMKEQFGKYCEILEPGCHCVPWCFGYQLAGTLSLRVQQLDVRCETKTKDNVFVTVVASIQYRAVTENAADAFYKLSNTKAQIQAYVFDVIRASVPRLELDAVFEQKNDIAKAVEQELEKAMSAYGFEIVQTLIVDIEPDVHVKRAMNEINAASRMRVATNEKAEAEKILQIKKAEGEAGSKYLSGLGIARQRQAIVDGLRDSVLAFSENVPGTTAKDVMDMVLVTQYFDTMKEIGASSKSNAVFV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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