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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004470

染色体: Chr07 坐标: 57262644-57263482 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004470
名称SmilChr07G004470
描述leucine-rich repeat extensin-like protein 6
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向57262644 - 57263482 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995076
GeneID130995076
locus_tag-
NCBI NameLOC130995076
原始查询SmilChr07G004470

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat extensin-like protein 6
产物leucine-rich repeat extensin-like protein 6
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995076

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057776206.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776206.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776206.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776206.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776206.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:57262837 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,C3,C83
Chr7:57262840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr7:57262902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B25,C3
Chr7:57262903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr7:57262945 GTA * 2bp_deletion CDS_variant 5 A8,B14,B3,B69,C59
Chr7:57263081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,C46,D7
Chr7:57263103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr7:57263130 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr7:57263299 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 1 B85
Chr7:57263299 A AAG 2bp_insertion CDS_variant 1 B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920223.1
TAACTGGATTTGTGTCCATTACACTATTCCTAATGTCCCATTACACAACATTATTTAATTCCTAACCCAAAAATGCTTTCTATATATTCATACTTCCAAAAAAAATCCCATGAAATCAAATGAAGAAACATCCAAGAACCCTAGCAATATTCATGGCAAGAAACTACAACACACTCTCTCTCTTCATCATCATCATCTCTCTATCAATCTCCAAATCACACTCCCAAACAAACCTCCCATCTCCAAATCTACTATGCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995076
ATGAAGAAACATCCAAGAACCCTAGCAATATTCATGGCAAGAAACTACAACACACTCTCTCTCTTCATCATCATCATCTCTCTATCAATCTCCAAATCACACTCCCAAACAAACCTCCCATCTCCAAATCTACTATGCATTAGTGATTGCGAAACATGCCCCGTCATATGCTCTCCGCCGCCATCGCCGCCGTCGCCGTCGTCGCCGCCGCCAAGTCCAAAACTTACACCGCCGAGTCCTAAACTTCCGCCGTTGCTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776206.1
MKKHPRTLAIFMARNYNTLSLFIIIISLSISKSHSQTNLPSPNLLCISDCETCPVICSPPPSPPSPSSPPPSPKLTPPSPKLPPLLPLPPESPPAHRYSPPPQPYYYYTSPAPLSSPPPPPRSKPPPPSYTSLGGGATPTPPPPPQVYAYNPGGNTAPGRNFSYPYYYFYAANAACGINIPYFHGSFIFVIIFVFFTNFV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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