Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004499

染色体: Chr07 坐标: 57662137-57663209 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004499
名称SmilChr07G004499
描述uncharacterized SmilChr07G004499
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向57662137 - 57663209 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995101
GeneID130995101
locus_tag-
NCBI NameLOC130995101
原始查询SmilChr07G004499

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995101

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057776234.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057776234.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776234.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776234.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776234.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:57662204 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B46,B47,C8
Chr7:57662221 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C48,C63
Chr7:57662224 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:57662226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B42,B43
Chr7:57662240 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C69
Chr7:57662240 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 C69
Chr7:57662247 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B132
Chr7:57662272 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr7:57662275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr7:57662282 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B91
Chr7:57662294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:57662297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B114,B17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920251.1
TATGAGCGTCTATAAAAATTGTTATGTATAATTTTTTTATTAATTTTTTAAAAATTATATTATATTATATTATATTAAAAATAACAAATAAATTGTTTATCCTAAAATTTGAATTTATTCCTAGATATAGATTTTAAAAAATAAAAAAATCATAACATTTTTTTTGTTTTATCATTAAGTAACACTTATATAAAATCTAAATTAGAAATCTAAATACCAAAAATTGAATATTAAAAGTGAAAAAAGAGAAAAAAGAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995101
ATGGTGTTCTACGGCCGGTTCTCTTCTCAACTCCACATAATCGAGGCAGGAAAGGGGGAAAGCCCTAATTCTCCGATTTGCAATCGAGAGCGGATGAGGTTGATAATTCTTCGACCTAAAGCCCTTCTCCTCTCTCTACCTCCTCTCTGTGCCGCCTTTGTCTCCGGCAAGCAGCCGCTAGCCGCCACCTTCTCCAGCCTGGCGTCGCCCCCCATCCCCATCACCTCTCTTTCGCTTCCACCACCACGAGCAACCTCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776234.1
MVFYGRFSSQLHIIEAGKGESPNSPICNRERMRLIILRPKALLLSLPPLCAAFVSGKQPLAATFSSLASPPIPITSLSLPPPRATSVVGSAPTTAPIAPPLPLASDSDNSRPHSSGNN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器