Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004506`

染色体: Chr07 坐标: 57726380-57732143 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004506`
名称	SmilChr07G004506
描述	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	57726380 - 57732143 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994489`
GeneID	`130994489`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994489`
原始查询	`SmilChr07G004506`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
产物	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
Arabidopsis	`AT5G35450` (AT5G35450) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508] identity=26.6; qcov=0.841; evalue=9.89e-63; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=30.6; qcov=0.677; evalue=2.3e-69; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994489

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057775515.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057775515.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057775515.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057775515.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775515.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:57726460`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B58
`Chr7:57726463`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C14
`Chr7:57726463`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C14
`Chr7:57726498`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C2,C56
`Chr7:57726536`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr7:57726569`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B121,B34,B64,C42
`Chr7:57726605`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B113,B14,C64,C66
`Chr7:57726657`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B120
`Chr7:57726662`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	21	A18,A3,A7,B119,B16,B18,B40,B53,B6,B70,B72,B75,B93,B99,C19,C20,C32,C43,C62,C67,C68
`Chr7:57726680`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B51
`Chr7:57726680`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B51
`Chr7:57726788`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	16	A11,A19,A23,A7,B100,B118,B130,B45,B46,B64,B79,B86,B98,C16,C48,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775515.1

1064 aa

532

1064

NB-ARC

WHD_DRP

NB-ARC

PF00931 NB-ARC 200-363 aa PF23559 WHD_DRP 449-519 aa PF00931 NB-ARC 957-1035 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775515.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	200	363	3.8e-57	193.3	NB-ARC domain
`XP_057775515.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	449	519	1.9e-15	57.3	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057775515.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	957	1035	3.8e-57	193.3	NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919532.1
ATGGCGGCTTATGGAGCTCTGGTTTCTCTTATGCATTTCATAGATCGGCTTGAAAAACATCCTTCCCCTCCAATTTCTATCCACAAACAGCAAGTTGAATCTCTTACTGAAATTGTTACCTTCTTGCAAGATTTTCTTGATGCTTATATTTCCCCAGTTGTGGATGACCATGAAGCAGATCCATTGGAGCGTCGCATTGCTGATGCAGTTTATGCAGCTGAGGATGTCATCGAATCCCAAATTGTGCTTCAAATTGAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994489
ATGGCGGCTTATGGAGCTCTGGTTTCTCTTATGCATTTCATAGATCGGCTTGAAAAACATCCTTCCCCTCCAATTTCTATCCACAAACAGCAAGTTGAATCTCTTACTGAAATTGTTACCTTCTTGCAAGATTTTCTTGATGCTTATATTTCCCCAGTTGTGGATGACCATGAAGCAGATCCATTGGAGCGTCGCATTGCTGATGCAGTTTATGCAGCTGAGGATGTCATCGAATCCCAAATTGTGCTTCAAATTGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775515.1
MAAYGALVSLMHFIDRLEKHPSPPISIHKQQVESLTEIVTFLQDFLDAYISPVVDDHEADPLERRIADAVYAAEDVIESQIVLQIENQSTVIGRSPVYNRSTIRRKMSSFINLFRDLCKWATIVEWEDVNAADDFVGRCPVDRNEFYLDLQQVIEEMNLIKKEAMEIAAAAQLQRKVSSPHTASSSTVKEIVMVGFKEVIVEVLDKLTGGQRSRQIISIMGMGGIGKTTLARHLFEHALVKHRFDICAWTTISQTYNVKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器