当前解析结果
SmilChr07G004512| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004512 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004512 |
| 描述 | probable galacturonosyltransferase 10 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 57756612 - 57766537 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995110 |
|---|---|
| GeneID | 130995110 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995110 |
| 原始查询 | SmilChr07G004512 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable galacturonosyltransferase 10 |
| 产物 | probable galacturonosyltransferase 10 |
| Arabidopsis | AT2G20810 (GAUT10)galacturonosyltransferase 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816611] identity=81.5; qcov=1.01; evalue=1.6e-133; confidence=high |
| Rice | Os04g0636100- identity=72; qcov=1.01; evalue=2.25e-126; confidence=high |
| GO | GO:0047262 (polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01501 (Glyco_transf_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995110 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057776241.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776241.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776241.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057776241.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057776241.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:57761556 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B63 |
Chr7:57761559 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B11 |
Chr7:57761561 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B121,B76 |
Chr7:57761612 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr7:57761629 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,B1,B126,B68,C60 |
Chr7:57761732 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B28,B50,B66,C73 |
Chr7:57761750 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B120,B22,B66,C73 |
Chr7:57761753 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,C73 |
Chr7:57761756 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B8,C42,C60,C79 |
Chr7:57761777 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B67 |
Chr7:57761813 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B95 |
Chr7:57761814 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776241.1PF01501
Glyco_transf_8 82-236 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776241.1 |
Pfam | PF01501 |
Glyco_transf_8 | Family | 82 | 236 | 2.4e-31 | 109.9 | Glycosyl transferase family 8 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。