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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004521

染色体: Chr07 坐标: 57879265-57886866 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004521
名称SmilChr07G004521
描述CBS domain-containing protein CBSCBSPB3-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向57879265 - 57886866 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995115
GeneID130995115
locus_tag-
NCBI NameLOC130995115
原始查询SmilChr07G004521

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CBS domain-containing protein CBSCBSPB3-like
产物CBS domain-containing protein CBSCBSPB3-like
ArabidopsisAT3G52950 (AT3G52950)
CBS / octicosapeptide/Phox/Bemp1 (PB1) domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824461]
identity=51.6; qcov=1.02; evalue=1.77e-133; confidence=high
RiceOs12g0169400 (OsCBSCBSPB4)
-
identity=48.4; qcov=0.993; evalue=2.86e-120; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00564 (PB1); PF00571 (CBS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995115

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057776248.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057776248.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057776245.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057776248.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776248.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:57879407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B119,B120
Chr7:57879823 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 3 B128,B90,B92
Chr7:57879823 A AC 1bp_insertion CDS_variant 3 B128,B90,B92
Chr7:57880499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr7:57880507 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr7:57883574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B37,B64,C10,C14
Chr7:57886729 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 3 A21,B35,B91
Chr7:57886729 A ATC 2bp_insertion CDS_variant 3 A21,B35,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776245.1
492 aa
N
1
246
492
CBS
CBS
CBS
CBS
PB1
C
PF00571 CBS 23-70 aa PF00571 CBS 82-128 aa PF00571 CBS 194-239 aa PF00571 CBS 251-293 aa PF00564 PB1 350-430 aa
XP_057776246.1
491 aa
N
1
246
491
CBS
CBS
CBS
CBS
PB1
C
PF00571 CBS 23-70 aa PF00571 CBS 82-128 aa PF00571 CBS 194-239 aa PF00571 CBS 251-293 aa PF00564 PB1 350-429 aa
XP_057776247.1
488 aa
N
1
244
488
CBS
CBS
CBS
CBS
PB1
C
PF00571 CBS 23-70 aa PF00571 CBS 82-128 aa PF00571 CBS 191-236 aa PF00571 CBS 248-290 aa PF00564 PB1 347-426 aa
XP_057776248.1
411 aa
N
1
206
411
CBS
CBS
CBS
CBS
C
PF00571 CBS 23-70 aa PF00571 CBS 82-128 aa PF00571 CBS 194-239 aa PF00571 CBS 251-293 aa
XP_057776249.1
410 aa
N
1
205
410
CBS
CBS
CBS
CBS
C
PF00571 CBS 23-70 aa PF00571 CBS 82-128 aa PF00571 CBS 194-239 aa PF00571 CBS 251-293 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776245.1 Pfam PF00571 CBS Domain 23 70 3.2e-28 98.5 CBS domain
XP_057776245.1 Pfam PF00571 CBS Domain 82 128 3.2e-28 98.5 CBS domain
XP_057776245.1 Pfam PF00571 CBS Domain 194 239 3.2e-28 98.5 CBS domain
XP_057776245.1 Pfam PF00571 CBS Domain 251 293 3.2e-28 98.5 CBS domain
XP_057776245.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 350 430 3.1e-14 53.4 PB1 domain
XP_057776246.1 Pfam PF00571 CBS Domain 23 70 3e-28 98.6 CBS domain
XP_057776246.1 Pfam PF00571 CBS Domain 82 128 3e-28 98.6 CBS domain
XP_057776246.1 Pfam PF00571 CBS Domain 194 239 3e-28 98.6 CBS domain
XP_057776246.1 Pfam PF00571 CBS Domain 251 293 3e-28 98.6 CBS domain
XP_057776246.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 350 429 1.6e-13 51.1 PB1 domain
XP_057776247.1 Pfam PF00571 CBS Domain 23 70 3e-28 98.6 CBS domain
XP_057776247.1 Pfam PF00571 CBS Domain 82 128 3e-28 98.6 CBS domain
XP_057776247.1 Pfam PF00571 CBS Domain 191 236 3e-28 98.6 CBS domain
XP_057776247.1 Pfam PF00571 CBS Domain 248 290 3e-28 98.6 CBS domain
XP_057776247.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 347 426 1.6e-13 51.1 PB1 domain
XP_057776248.1 Pfam PF00571 CBS Domain 23 70 1.4e-28 99.7 CBS domain
XP_057776248.1 Pfam PF00571 CBS Domain 82 128 1.4e-28 99.7 CBS domain
XP_057776248.1 Pfam PF00571 CBS Domain 194 239 1.4e-28 99.7 CBS domain
XP_057776248.1 Pfam PF00571 CBS Domain 251 293 1.4e-28 99.7 CBS domain
XP_057776249.1 Pfam PF00571 CBS Domain 23 70 1.3e-28 99.8 CBS domain
XP_057776249.1 Pfam PF00571 CBS Domain 82 128 1.3e-28 99.8 CBS domain
XP_057776249.1 Pfam PF00571 CBS Domain 194 239 1.3e-28 99.8 CBS domain
XP_057776249.1 Pfam PF00571 CBS Domain 251 293 1.3e-28 99.8 CBS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920262.1
ATCCTCAAAAAAAGAAAAAGAAAATGGGACTCTATTCGTAGGAGGAGAAGTATATAAAAGAAGAAGTATATAAAAGATAATAGTGGTGTGAGGAAACAAAGCCTCGAGAGAGATACCAGAGGGTTTAGAGATCGACATGGCCGAGTCGCGCATCCCTGTTATTGGTGAGGGAGAGAGAACATTGAAGAATCTTCAATTATCCAAGAAACTCACAGTTTCCGAAGGGACGACTGTACTAGATGTCTGTAAAAGAATGGCGG...
XM_057920264.1
AAATGGGACTCTATTCGTAGGAGGAGAAGTATATAAAAGAAGAAGTATATAAAAGATAATAGTGGTGTGAGGAAACAAAGCCTCGAGAGAGATACCAGAGGGTTTAGAGATCGACATGGCCGAGTCGCGCATCCCTGTTATTGGTGAGGGAGAGAGAACATTGAAGAATCTTCAATTATCCAAGAAACTCACAGTTTCCGAAGGGACGACTGTACTAGATGTCTGTAAAAGAATGGCGGCCATATGTGTAGATGCTGTTC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130995115
ATGGCCGAGTCGCGCATCCCTGTTATTGGTGAGGGAGAGAGAACATTGAAGAATCTTCAATTATCCAAGAAACTCACAGTTTCCGAAGGGACGACTGTACTAGATGTCTGTAAAAGAATGGCGGCCATATGTGTAGATGCTGTTCTGGTGAATGATACTAATAATTTGGTTTCAGGAATCGTCACTGATAAGGACATTATGACTAGGGTTGTAGCAAAGCAATTGAAACCCGACCGGACATTAATTTCAGAAGTTATGAC...
LOC130995115
ATGGCCGAGTCGCGCATCCCTGTTATTGGTGAGGGAGAGAGAACATTGAAGAATCTTCAATTATCCAAGAAACTCACAGTTTCCGAAGGGACGACTGTACTAGATGTCTGTAAAAGAATGGCGGCCATATGTGTAGATGCTGTTCTGGTGAATGATACTAATAATTTGGTTTCAGGAATCGTCACTGATAAGGACATTATGACTAGGGTTGTAGCAAAGCAATTGAAACCCGACCGGACATTAATTTCAGAAGTTATGAC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057776245.1
MAESRIPVIGEGERTLKNLQLSKKLTVSEGTTVLDVCKRMAAICVDAVLVNDTNNLVSGIVTDKDIMTRVVAKQLKPDRTLISEVMTRDRSIVSSNAPIIEALQITVIGNCRHLPVFESDQIIALLDITSCLDDTILSIEKYVKKKSVMTARVYEQGHEHRYGNDLPEIAAFEGIRDRLFRSSVSTIILEPYRVATVSPSDTVYVAAKKMRDSWVNYVLIMTGNNIRGILTSKDILMRVVAQNLSPEVTLVEKVMTPDPK...
XP_057776246.1
MAESRIPVIGEGERTLKNLQLSKKLTVSEGTTVLDVCKRMAAICVDAVLVNDTNNLVSGIVTDKDIMTRVVAKQLKPDRTLISEVMTRDRSIVSSNAPIIEALQITVIGNCRHLPVFESDQIIALLDITSCLDDTILSIEKYVKKKSVMTARVYEQGHEHRYGNDLPEIAAFEGIRDRLFRSSVSTIILEPYRVATVSPSDTVYVAAKKMRDSWVNYVLIMTGNNIRGILTSKDILMRVVAQNLSPEVTLVEKVMTPDPK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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