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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004543

染色体: Chr07 坐标: 58136810-58144677 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004543
名称SmilChr07G004543
描述CBS domain-containing protein CBSCBSPB3-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向58136810 - 58144677 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995134
GeneID130995134
locus_tag-
NCBI NameLOC130995134
原始查询SmilChr07G004543

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CBS domain-containing protein CBSCBSPB3-like
产物CBS domain-containing protein CBSCBSPB3-like
ArabidopsisAT3G52950 (AT3G52950)
CBS / octicosapeptide/Phox/Bemp1 (PB1) domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824461]
identity=51.3; qcov=1.02; evalue=1.03e-132; confidence=high
RiceOs12g0169400 (OsCBSCBSPB4)
-
identity=48.4; qcov=0.993; evalue=4.65e-120; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00564 (PB1); PF00571 (CBS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995134

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057776266.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057776266.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057776264.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057776266.1
5 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057776264.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:58137034 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B99
Chr7:58137034 C CCT 2bp_insertion CDS_variant 1 B99
Chr7:58137044 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 15 A23,B118,B123,B128,B30,B36,B63,B82,B83,C34,C46,C5,C60,C61,C80
Chr7:58137950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:58138103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr7:58138146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr7:58139825 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr7:58140039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B48,C24,C3,D9
Chr7:58141973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr7:58142035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B28,B49,C28,C61
Chr7:58142090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776264.1
485 aa
N
1
242
485
CBS
CBS
CBS
CBS
PB1
C
PF00571 CBS 23-70 aa PF00571 CBS 82-128 aa PF00571 CBS 194-239 aa PF00571 CBS 251-293 aa PF00564 PB1 350-430 aa
XP_057776265.1
484 aa
N
1
242
484
CBS
CBS
CBS
CBS
PB1
C
PF00571 CBS 23-70 aa PF00571 CBS 82-128 aa PF00571 CBS 194-239 aa PF00571 CBS 251-293 aa PF00564 PB1 350-429 aa
XP_057776266.1
411 aa
N
1
206
411
CBS
CBS
CBS
CBS
C
PF00571 CBS 23-70 aa PF00571 CBS 82-128 aa PF00571 CBS 194-239 aa PF00571 CBS 251-293 aa
XP_057776268.1
410 aa
N
1
205
410
CBS
CBS
CBS
CBS
C
PF00571 CBS 23-70 aa PF00571 CBS 82-128 aa PF00571 CBS 194-239 aa PF00571 CBS 251-293 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776264.1 Pfam PF00571 CBS Domain 23 70 2.3e-28 99.0 CBS domain
XP_057776264.1 Pfam PF00571 CBS Domain 82 128 2.3e-28 99.0 CBS domain
XP_057776264.1 Pfam PF00571 CBS Domain 194 239 2.3e-28 99.0 CBS domain
XP_057776264.1 Pfam PF00571 CBS Domain 251 293 2.3e-28 99.0 CBS domain
XP_057776264.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 350 430 2.2e-14 53.9 PB1 domain
XP_057776265.1 Pfam PF00571 CBS Domain 23 70 2.2e-28 99.1 CBS domain
XP_057776265.1 Pfam PF00571 CBS Domain 82 128 2.2e-28 99.1 CBS domain
XP_057776265.1 Pfam PF00571 CBS Domain 194 239 2.2e-28 99.1 CBS domain
XP_057776265.1 Pfam PF00571 CBS Domain 251 293 2.2e-28 99.1 CBS domain
XP_057776265.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 350 429 1.1e-13 51.6 PB1 domain
XP_057776266.1 Pfam PF00571 CBS Domain 23 70 1e-28 100.1 CBS domain
XP_057776266.1 Pfam PF00571 CBS Domain 82 128 1e-28 100.1 CBS domain
XP_057776266.1 Pfam PF00571 CBS Domain 194 239 1e-28 100.1 CBS domain
XP_057776266.1 Pfam PF00571 CBS Domain 251 293 1e-28 100.1 CBS domain
XP_057776268.1 Pfam PF00571 CBS Domain 23 70 9.5e-29 100.2 CBS domain
XP_057776268.1 Pfam PF00571 CBS Domain 82 128 9.5e-29 100.2 CBS domain
XP_057776268.1 Pfam PF00571 CBS Domain 194 239 9.5e-29 100.2 CBS domain
XP_057776268.1 Pfam PF00571 CBS Domain 251 293 9.5e-29 100.2 CBS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920281.1
GAGGAGAAGTATATAAAAGAAGAAGTATATAAAAGATAATAGTGGTGTGAGGAAACAAGTCTCGGGAGAGATAGCCAGAGGGTATAGAGCTTGCCAGATTGCCAGAGAGGCGCAACAGATAGTGGTGTGAGGAAACAAAGCCTCGAGAGAGATACCAGAGGGTTTAGAGATCGACATGGCCGAGTCGCGCATCCCTGTTATTGGTGAGGGAGAGAGAACATTGAAGAATCTTCAATTATCCAAGAAACTCACAGTTTCCG...
XM_057920282.1
AGGAGAAGTATATAAAAGAAGAAGTATATAAAAGATAATAGTGGTGTGAGGAAACAAGTCTCGGGAGAGATAGCCAGAGGGTATAGAGCTTGCCAGATTGCCAGAGAGGCGCAACAGATAGTGGTGTGAGGAAACAAAGCCTCGAGAGAGATACCAGAGGGTTTAGAGATCGACATGGCCGAGTCGCGCATCCCTGTTATTGGTGAGGGAGAGAGAACATTGAAGAATCTTCAATTATCCAAGAAACTCACAGTTTCCGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130995134
ATGGCCGAGTCGCGCATCCCTGTTATTGGTGAGGGAGAGAGAACATTGAAGAATCTTCAATTATCCAAGAAACTCACAGTTTCCGAAGGGACGACTGTACTAGATGTCTGTAAAAGAATGGCGGCCATATGTGTAGATGCTGTTCTGGTGAATGATACTAATAATTTGGTTTCAGGAATCGTCACTGATAAGGACATTATGACTAGGGTTGTAGCAAAGCAATTGAAACCCGACCGGACATTAATTTCAGAAGTTATGAC...
LOC130995134
ATGGCCGAGTCGCGCATCCCTGTTATTGGTGAGGGAGAGAGAACATTGAAGAATCTTCAATTATCCAAGAAACTCACAGTTTCCGAAGGGACGACTGTACTAGATGTCTGTAAAAGAATGGCGGCCATATGTGTAGATGCTGTTCTGGTGAATGATACTAATAATTTGGTTTCAGGAATCGTCACTGATAAGGACATTATGACTAGGGTTGTAGCAAAGCAATTGAAACCCGACCGGACATTAATTTCAGAAGTTATGAC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057776264.1
MAESRIPVIGEGERTLKNLQLSKKLTVSEGTTVLDVCKRMAAICVDAVLVNDTNNLVSGIVTDKDIMTRVVAKQLKPDRTLISEVMTRDRSIVSSSAPIIEALQITVIGNCRHLPVFESDQIIALLDITSCLDDTILSIEKYVKKKSVMTARVYEQGHEHRYGNDLPEIAAFEGIRDRLFRSSISTIILEPYRVATVSPSDTVYVAAKKMRDSWVNYVLIMTGNNIRGILTSKDILMRVVAQNLSPEVTLVEKVMTPDPK...
XP_057776265.1
MAESRIPVIGEGERTLKNLQLSKKLTVSEGTTVLDVCKRMAAICVDAVLVNDTNNLVSGIVTDKDIMTRVVAKQLKPDRTLISEVMTRDRSIVSSSAPIIEALQITVIGNCRHLPVFESDQIIALLDITSCLDDTILSIEKYVKKKSVMTARVYEQGHEHRYGNDLPEIAAFEGIRDRLFRSSISTIILEPYRVATVSPSDTVYVAAKKMRDSWVNYVLIMTGNNIRGILTSKDILMRVVAQNLSPEVTLVEKVMTPDPK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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