当前解析结果
SmilChr07G004585| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004585 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004585 |
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 58674479 - 58674997 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994518 |
|---|---|
| GeneID | 130994518 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994518 |
| 原始查询 | SmilChr07G004585 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 产物 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| Arabidopsis | ATMG00810- identity=39.6; qcov=0.895; evalue=2.87e-35; confidence=medium |
| Rice | Os11g0656500- identity=44.3; qcov=0.919; evalue=9.94e-41; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994518 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057775544.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775544.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775544.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775544.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775544.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:58674507 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr7:58674508 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr7:58674510 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B54,C10,C56,C7 |
Chr7:58674514 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B54,C10,C7 |
Chr7:58674533 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 9 | B114,B64,B70,B73,B88,C28,C34,C4,C41 |
Chr7:58674535 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C4,C41 |
Chr7:58674552 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,C4,C41 |
Chr7:58674603 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,C57 |
Chr7:58674642 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C37,D7 |
Chr7:58674651 |
G |
GGT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 5 | B132,B54,B86,C10,C83 |
Chr7:58674651 |
G |
GGT |
2bp_insertion | CDS_variant | 5 | B132,B54,B86,C10,C83 |
Chr7:58674663 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B78,C1,C82,D10 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。