Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004630`

染色体: Chr07 坐标: 59151991-59155115 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004630`
名称	SmilChr07G004630
描述	uncharacterized SmilChr07G004630
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	59151991 - 59155115 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995206`
GeneID	`130995206`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995206`
原始查询	`SmilChr07G004630`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=35.1; qcov=0.454; evalue=2.01e-27; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF19259 (Ty3_capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995206

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057776345.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057776345.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057776345.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057776345.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057776345.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:59152254`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B78,C77
`Chr7:59152270`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A1
`Chr7:59152270`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr7:59152308`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B73,C4,C76
`Chr7:59152322`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B91,C21,C55,D9
`Chr7:59152347`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B2,B73,C68
`Chr7:59152351`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B17,B4,B48,B69,C17,D10,D7
`Chr7:59152357`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A20
`Chr7:59152357`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A20
`Chr7:59152373`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr7:59152404`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr7:59152418`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776345.1

370 aa

185

370

Ty3_capsid

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

PF19259 Ty3_capsid 49-211 aa PF03732 PEG10_N-capsid 50-128 aa PF00098 zf-CCHC 309-325 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776345.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	49	211	1.1e-08	35.4	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057776345.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	50	128	5.7e-14	52.9	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057776345.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	309	325	1e-05	26.1	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920362.1
TGATTAAGGTCAAGCGCGAGAGTAAGAACTACACAAGGAGTTAGAGTACCTTAGCAAAACTTTGCTATCAGGTTGAGCTGTGATGGGCGATGAAGTGTTGTTGCTGAGTGGAGTTTTTGTTGAACTTAAAGTAGGCTCAGAAAGGATACATGTCTTCATACATGTATCTCAGTTATGTATTCCGCTGTAAACACTGATTATTTCAGTTACGCCTTCCGTTGCAAACTCTGATAATATTTTAGCCAAGCCCCTAACGATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995206
ATGCCGCCTAAGAGAGGACGCCATGCGAGAAACAATAACAATCGCAGAAACCGTAACGCTGTACCCGAAGAACCACAAGATGCTCGAGGACATAACCCATGCCCTCCGCCCCCAACTAGGAGAGTCGAAGAACTCTTTTTAAGGCAAAATCCACCTACGTTTGACGGAACGAGTGAACCGGCTGAAGCTGAGATTTGGGTGCGTGCAATGGAACGCATTTTCAATTTTCTACGTTGTACTGATGAGGAACGCCTATCTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776345.1
MPPKRGRHARNNNNRRNRNAVPEEPQDARGHNPCPPPPTRRVEELFLRQNPPTFDGTSEPAEAEIWVRAMERIFNFLRCTDEERLSCVSFQLTGSADFWWEARRKILTPEQWASYTWEDFKTGLYDKYIPKSYRKKKEAEFYELKQGKKSVVEYDKEFCNLSRFAPQQVDTDEKMAEKFCAGLRHEIRMTLASHGGLSYTESLNRALDIEAAMPSDKSAPPLISTPNDLLGASHTLKRKRKWDSNKDNINQTSKKVWQEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器