Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004657`

染色体: Chr07 坐标: 59493645-59495217 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004657`
名称	SmilChr07G004657
描述	protein OXIDATIVE STRESS 3 LIKE 1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	59493645 - 59495217 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995228`
GeneID	`130995228`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995228`
原始查询	`SmilChr07G004657`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein OXIDATIVE STRESS 3 LIKE 1-like
产物	protein OXIDATIVE STRESS 3 LIKE 1-like
Arabidopsis	`AT5G21940` (AT5G21940) hybrid signal transduction histidine kinase M-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832254] identity=42; qcov=0.749; evalue=6.84e-20; confidence=low
Rice	`Os02g0778700` - identity=46.6; qcov=0.589; evalue=1.87e-17; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF30470 (OXS3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995228

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776404.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776404.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776404.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057776404.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057776404.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:59493875`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B112,C58,C78,C85
`Chr7:59493882`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr7:59493910`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:59493948`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B127,B132,C54
`Chr7:59493953`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B36,B65,B69,B97
`Chr7:59493982`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr7:59493989`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B3,C57
`Chr7:59494011`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,D11
`Chr7:59494031`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,C23,C77
`Chr7:59494053`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B7,B85,B96,C42
`Chr7:59494056`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr7:59494082`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A5,B140,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776404.1

175 aa

175

OXS3

PF30470 OXS3 33-166 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776404.1`	Pfam	`PF30470`	OXS3	Family	33	166	8.4e-42	143.9	Oxidative stress 3

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920421.1
GATTATACACAGAATATTCAATCCAAAATCTTTCCCACTTTTTGTCGTTAATAACTCAACACAAACGAACAATCTTTCCGGTATACCTTGGAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGTCCAAACTATGATCAACCCTTTTCCCAAAATACTCCTTTCTTGATGATCACAAGCCTCATTTCATCGTTTCTTTATAAAGATGGAATCTTTTTTAGTTGGAAATAAAATGGGAGTGAAAAATGGTGGTGTTGATGGGATGGGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995228
ATGGAATCTTTTTTAGTTGGAAATAAAATGGGAGTGAAAAATGGTGGTGTTGATGGGATGGGGGAAAGTGGTGTTTTTAAGGATGTAGGAAAAGAGGATTCATGCATTAATCAGACTGTTTCTTGCTCAGAAGAATCATCATCTTCCATTGGCAGAGACAGTGATGCTTCAATGGAGAAATCTTGTGGTGGTGAAGAGGTTCAAAGCTCCTTCAAAGGAACCTTTGATGCTGCCATGGAAGCTTTGGAGGAAGTTTTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776404.1
MESFLVGNKMGVKNGGVDGMGESGVFKDVGKEDSCINQTVSCSEESSSSIGRDSDASMEKSCGGEEVQSSFKGTFDAAMEALEEVLPIRRGISRFYNGKSNSFACLADASKGLVKPDNAYKRRRRNLLACSLTRDKNRGSSLSRNGGGISKRLTASSRRAMALNKMTNVVVMDQC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器