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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004660

染色体: Chr07 坐标: 59503168-59507386 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004660
名称SmilChr07G004660
描述G-protein coupled receptor 1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59503168 - 59507386 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995230
GeneID130995230
locus_tag-
NCBI NameLOC130995230
原始查询SmilChr07G004660

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G-protein coupled receptor 1
产物G-protein coupled receptor 1
ArabidopsisAT1G48270 (GCR1)
G-protein-coupled receptor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841247]
identity=74.9; qcov=1.02; evalue=1.21e-179; confidence=high
RiceOs06g0199800 (OsGPCR)
-
identity=69.1; qcov=0.941; evalue=1.2e-156; confidence=high
GOGO:0004930 (G protein-coupled receptor activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway); GO:0007189 (adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00002 (7tm_2); PF05462 (Dicty_CAR)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995230

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057776408.1
2 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057776408.1
3 Endosome 内体 0.20000 XP_057776408.1
4 Endosome membrane 内体膜 0.20000 XP_057776408.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776408.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59503401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,C1
Chr7:59503449 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr7:59503504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C76,C9
Chr7:59504254 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr7:59504263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr7:59504344 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr7:59505355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr7:59505555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B18,B87,C5,C6
Chr7:59505600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:59505602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C49
Chr7:59506431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr7:59506455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776408.1
323 aa
N
1
162
323
7tm_2
Dicty_CAR
C
PF00002 7tm_2 26-198 aa PF05462 Dicty_CAR 26-278 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776408.1 Pfam PF00002 7tm_2 Domain 26 198 1e-06 29.0 7 transmembrane receptor (Secretin family)
XP_057776408.1 Pfam PF05462 Dicty_CAR Family 26 278 4.2e-13 49.8 Slime mold cyclic AMP receptor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920425.1
GGCCAAAGCGACTTGTTGATGTTTCACACACTATTATTTGAATTATTCTATATTTTTTATTTTTGGGAAAAATTGATTCCTCCTTTTCTGTTAGCTTACTGGAGAAGTATGTCACGAAAAATGAAAACTGTCGAGAAAGCAGATTGTGGAATGCTGGAGGTTTTCCGATTGAGATCTTAGATTTTTCTCTGAGATCGAGCGATTGATGCAATGGCGACGGTGCAGGTTGTTTCGGGGAGCTTAACCGCCTCGGACCGGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995230
ATGGCGACGGTGCAGGTTGTTTCGGGGAGCTTAACCGCCTCGGACCGGGGTATTTTGCAGGCAATCAACAGCGGCGCCTCCAGCCTCTCGCTCGTCGGTTCCGGCTTCATAGTCCTTTGCTACTTACTCTTCAAGGAGCTCCGCAAGTTTTCCTTTAAGCTCGTCTTCTTCCTCGCTCTCTCTGACATGTTCTGCAGTTTCTTCAGCATCATAGGAGATCCTTCCAAAGGATACTTTTGTTATGCCCAAGGCTACACTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776408.1
MATVQVVSGSLTASDRGILQAINSGASSLSLVGSGFIVLCYLLFKELRKFSFKLVFFLALSDMFCSFFSIIGDPSKGYFCYAQGYTTHFFCVASFLWTTTIAFTLHRTVVRHKTDVEDLEPMFHLYVWGTSVVMTVIRSIGNNHHAHISRVGTWCWAQSGITGQVVHFVTFYAPLWGAILFNGFTYFQVIRMLNNATRMAVGMSERGGYQSDARPDMKALNRWGYYPVILIGSWFFGTINRIHDFIEPGHKIFWLSVLDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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