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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004661

染色体: Chr07 坐标: 59508488-59509719 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004661
名称SmilChr07G004661
描述uncharacterized SmilChr07G004661
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59508488 - 59509719 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995231
GeneID130995231
locus_tag-
NCBI NameLOC130995231
原始查询SmilChr07G004661

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DUF1677 family protein (DUF1677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843583]; symbol=AT1G72510; hit=AT1G72510; species=arabidopsis; confidence=medium
产物DUF1677 family protein (DUF1677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843583]; symbol=AT1G72510; hit=AT1G72510; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G72510 (AT1G72510)
DUF1677 family protein (DUF1677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843583]
identity=48.4; qcov=0.955; evalue=8.86e-37; confidence=medium
RiceOs03g0407100 (OSJNBa0030J19.19)
-
identity=48.4; qcov=0.679; evalue=1.61e-25; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF07911 (DUF1677)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995231

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776409.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057776409.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057776409.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776409.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776409.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59508688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:59508693 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B49,B70,C41,C64
Chr7:59508889 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776409.1
134 aa
N
1
67
134
DUF1677
C
PF07911 DUF1677 21-110 aa
XP_057776410.1
134 aa
N
1
67
134
DUF1677
C
PF07911 DUF1677 21-110 aa
XP_057776411.1
134 aa
N
1
67
134
DUF1677
C
PF07911 DUF1677 21-110 aa
XP_057776412.1
134 aa
N
1
67
134
DUF1677
C
PF07911 DUF1677 21-110 aa
XP_057776413.1
134 aa
N
1
67
134
DUF1677
C
PF07911 DUF1677 21-110 aa
XP_057776414.1
134 aa
N
1
67
134
DUF1677
C
PF07911 DUF1677 21-110 aa
XP_057776415.1
134 aa
N
1
67
134
DUF1677
C
PF07911 DUF1677 21-110 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776409.1 Pfam PF07911 DUF1677 Family 21 110 2.7e-38 131.0 Protein of unknown function (DUF1677)
XP_057776410.1 Pfam PF07911 DUF1677 Family 21 110 2.7e-38 131.0 Protein of unknown function (DUF1677)
XP_057776411.1 Pfam PF07911 DUF1677 Family 21 110 2.7e-38 131.0 Protein of unknown function (DUF1677)
XP_057776412.1 Pfam PF07911 DUF1677 Family 21 110 2.7e-38 131.0 Protein of unknown function (DUF1677)
XP_057776413.1 Pfam PF07911 DUF1677 Family 21 110 2.7e-38 131.0 Protein of unknown function (DUF1677)
XP_057776414.1 Pfam PF07911 DUF1677 Family 21 110 2.7e-38 131.0 Protein of unknown function (DUF1677)
XP_057776415.1 Pfam PF07911 DUF1677 Family 21 110 2.7e-38 131.0 Protein of unknown function (DUF1677)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920432.1
CTTCTGTCCAAATTAAATCACGTTGAAACATTTCACACTGACCAAAAAGACTCCACAAAATCTTTCCCAACCTTTCATATACTACTGCTACATAACTACAATTTTCACACACACACACACACACCTCTCACATGGCAGCAGAAATTGTGAAAGGAAGTTCATGAAAAAACCCTATCTTCCTTCAATTTTCTACCCAGAAAATCAAATTCTCATCAGCTAACTAAAACAAGAGCCAAAAAGGGCTCCCTGAAATGTATGTG...
XM_057920431.1
TGACCAAAAAGACTCCACAAAATCTTTCCCAACCTTTCATATACTACTGCTACATAACTACAATTTTCACACACACACACACACACCTCTCACATGGCAGCAGAAATTGTGAAAGGAAGTTCATGAAAAAACCCTATCTTCCTTCAATTTTCTACCCAGAAAATCAAATTCTCATCAGCTAACTAAAACAAGAGCCAAAAAGGGCTCCCTGAAATGTATGTGATATTCAAGCGTCTGATTGTAGTAGAAGAGAGTGAGTG...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130995231
ATGGAGAATCCTTCAAAGCCAAAACAAGCAACAAGTGTGTTGAAAGCAACTGATCTCGCATTTGCAAAATGCGAGTGCTGCGGCCTCACAGAGGAGTGCACGGAGGAGTACATAAAGCGTGTTCGTGAACGATATTCGGGGCGTTGGATTTGCGGGCTGTGCTCGGAGGCGGTGAAGGATGAGGCGGTGAGGTCGGAGAAGAGGATTGGGAAGGAAGAAGCTCTCAATCAGCACATGAGTTTCTGCAGGAAATTCAAGAA...
LOC130995231
ATGGAGAATCCTTCAAAGCCAAAACAAGCAACAAGTGTGTTGAAAGCAACTGATCTCGCATTTGCAAAATGCGAGTGCTGCGGCCTCACAGAGGAGTGCACGGAGGAGTACATAAAGCGTGTTCGTGAACGATATTCGGGGCGTTGGATTTGCGGGCTGTGCTCGGAGGCGGTGAAGGATGAGGCGGTGAGGTCGGAGAAGAGGATTGGGAAGGAAGAAGCTCTCAATCAGCACATGAGTTTCTGCAGGAAATTCAAGAA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057776409.1
MENPSKPKQATSVLKATDLAFAKCECCGLTEECTEEYIKRVRERYSGRWICGLCSEAVKDEAVRSEKRIGKEEALNQHMSFCRKFKNLSPPSDDELISAVKQLMLKTLDSPRSSPVKNRALIRPEACFSALDHS
XP_057776410.1
MENPSKPKQATSVLKATDLAFAKCECCGLTEECTEEYIKRVRERYSGRWICGLCSEAVKDEAVRSEKRIGKEEALNQHMSFCRKFKNLSPPSDDELISAVKQLMLKTLDSPRSSPVKNRALIRPEACFSALDHS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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