Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004668

染色体: Chr07 坐标: 59613616-59615456 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004668
名称SmilChr07G004668
描述uncharacterized protein At2g34160-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59613616 - 59615456 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995240
GeneID130995240
locus_tag-
NCBI NameLOC130995240
原始查询SmilChr07G004668

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977]; symbol=AT2G34160; hit=AT2G34160; species=arabidopsis; confidence=high
产物Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977]; symbol=AT2G34160; hit=AT2G34160; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G34160 (AT2G34160)
Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977]
identity=73.6; qcov=0.93; evalue=3.78e-53; confidence=high
RiceOs06g0602600
-
identity=72.3; qcov=0.886; evalue=5.22e-51; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF01918 (Alba)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995240

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057776432.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057776432.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057776432.1
4 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057776432.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776432.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59614933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B30,C30
Chr7:59615262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B52,B88,C43
Chr7:59615269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C76,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776432.1
114 aa
N
1
57
114
Alba
C
PF01918 Alba 8-59 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776432.1 Pfam PF01918 Alba Domain 8 59 3.5e-12 46.6 Alba

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920449.1
GGAAAAACAGTTCAGAGATTTATGATAAGGCTAGTGTATAAAAGTGAAAAGTAACCTATATTTTTTAGGGAATATATATATTTTTTAAAAAGTTTTTAAAAAAGTCATTTAACAACCAGAGAGATTTCTGCATTTGAAGAGGTCTATTGAGACTCTGAGTGAGAGAGAGAGAGATGGCAGAAGAAATGAGGAAAAACAGAATTCAAGTCTCCAACTCCAAAAAATCCCTCTTCTTCTACGTCAATCTCTCCAAGAGGTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995240
ATGGCAGAAGAAATGAGGAAAAACAGAATTCAAGTCTCCAACTCCAAAAAATCCCTCTTCTTCTACGTCAATCTCTCCAAGAGGTACTTGCAGCAGTACAACGATGTGGAGCTCTCTGGTCTTGGAATGGCTATTTCCACTGTCGTGAGCATTGCTGAAATTTTGAAGAACAACGGATTCGCCATTGAGAAAAAGATCAGGACGCTGACGGTTGACATGAGAGATGATCCGGAAGCGCGGCCGTTTCCCAAGGCAAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776432.1
MAEEMRKNRIQVSNSKKSLFFYVNLSKRYLQQYNDVELSGLGMAISTVVSIAEILKNNGFAIEKKIRTLTVDMRDDPEARPFPKAKIEILLGKSENFDELMAAEEEEEEGGGED

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器