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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004669

染色体: Chr07 坐标: 59615625-59619162 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004669
名称SmilChr07G004669
描述adenine nucleotide transporter BT1, chloroplastic/mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59615625 - 59619162 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995239
GeneID130995239
locus_tag-
NCBI NameLOC130995239
原始查询SmilChr07G004669

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述adenine nucleotide transporter BT1, chloroplastic/mitochondrial-like
产物adenine nucleotide transporter BT1%2C chloroplastic/mitochondrial-like
ArabidopsisAT4G32400 (SHS1)
Mitochondrial substrate carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829375]
identity=66.4; qcov=0.995; evalue=2.72e-172; confidence=high
RiceOs06g0602700 (BT1-3)
-
identity=66; qcov=1.02; evalue=2.3e-177; confidence=high
GOGO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00153 (Mito_carr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995239

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057776431.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057776431.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057776431.1
4 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057776431.1
5 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057776431.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59615906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B30,B91,C30
Chr7:59615914 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:59615936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C34
Chr7:59615944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:59615946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,B21,C34
Chr7:59615966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B68,C29
Chr7:59615967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr7:59615970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr7:59615978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr7:59616051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:59616087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:59616135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776431.1
383 aa
N
1
192
383
Mito_carr
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 100-185 aa PF00153 Mito_carr 193-280 aa PF00153 Mito_carr 289-378 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776431.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 100 185 4.2e-74 245.1 Mitochondrial carrier protein
XP_057776431.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 193 280 4.2e-74 245.1 Mitochondrial carrier protein
XP_057776431.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 289 378 4.2e-74 245.1 Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920448.1
AGTTAAGCATCAAACAAAATCAGTTGTAAGAGCTGCAAGTATCAACAAGGAAAAATTGATCCCCTCATTTTATATGTGTGGGCGTGTGAGTGTGAGTGAAGAGGGAAGAACAGAGTCCCACCTCACATCTTTCTGTTCCTCAAATAAAAGAACCCTTCTTTGATTCCTCCGCCTCCATCCATCATTTCTTAGATTCTTCCACCATACCATATCTAATTTATATCCTTATTATATGATTATATGATTATATGATTACATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995239
ATGATGGGTGGTGGAGCAGAAATGAAATCTTTATCGTTCAAGAAAAGTGGGATTTCATCAGATTCTCAATTGAGGCTTCAATGGAGCAATCAAGATTGCAACTTTTATCCAGGTGGTGGGTTGTTTGCATCTGTGCAAATGGGGGATAACGGAAATGGTGGTCTGAAATTACCCTATGCTGATTTGCTAGTGAAATATGTTTCATTGCCTGAGGGGTTTAAGAATCTTGGTGAGGAGAAGGGTTTGGGGGAGAAGAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776431.1
MMGGGAEMKSLSFKKSGISSDSQLRLQWSNQDCNFYPGGGLFASVQMGDNGNGGLKLPYADLLVKYVSLPEGFKNLGEEKGLGEKKKKRGLKLKIKIPNPSLRRLVSGGIAGAVSRTVVAPLETIRTHLMVGSSGHSTTEVFNNIMKTDGWKGLFRGNFVNVIRVAPSKAIELFVYDTVNKNLSSKPGEQPKLPIPPSLVAGASAGVTSTLVTYPLELLKTRLTIQRGVYDGLLDAFVKILKEGGPGELYRGLAPSLIGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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