Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004683

染色体: Chr07 坐标: 59793264-59795122 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004683
名称SmilChr07G004683
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59793264 - 59795122 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995251
GeneID130995251
locus_tag-
NCBI NameLOC130995251
原始查询SmilChr07G004683

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520-like
ArabidopsisAT5G66520 (AT5G66520)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836784]
identity=40.3; qcov=1.03; evalue=1.16e-163; confidence=medium
RiceOs03g0821700 (OJ1754_E06.32)
-
identity=51.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995251

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057776447.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776447.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776447.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776447.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776447.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59793373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B1,B108,B13,B88
Chr7:59793385 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 6 B109,C57,C60,C76,C9,D10
Chr7:59793391 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 6 B109,C57,C60,C76,C9,D10
Chr7:59793411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B49,B70,C64,C66
Chr7:59793432 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B56
Chr7:59793432 ATC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B56
Chr7:59793456 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 13 B125,B131,B23,B45,B49,B51,B64,C2,C37,C39,C4,C69,C8
Chr7:59793566 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 25 A19,A7,B101,B110,B127,B16,B23,B33,B34,B42,B47,B53,B83,B85,B95,C22,C31,C35,C50,C59,C80,C82,C87,D2,D5
Chr7:59793587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:59793692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr7:59793707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,C36,C6
Chr7:59793742 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776447.1
586 aa
N
1
293
586
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF13041 PPR_2 176-223 aa PF01535 PPR 178-204 aa PF01535 PPR 250-273 aa PF13041 PPR_2 279-326 aa PF13812 PPR_3 280-325 aa PF01535 PPR 281-311 aa PF01535 PPR 316-344 aa PF01535 PPR 353-377 aa PF20431 E_motif 401-458 aa PF14432 DYW_deaminase 494-586 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776447.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 176 223 5.5e-40 136.0 PPR repeat family
XP_057776447.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 178 204 7.9e-29 98.6 PPR repeat
XP_057776447.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 250 273 7.9e-29 98.6 PPR repeat
XP_057776447.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 279 326 5.5e-40 136.0 PPR repeat family
XP_057776447.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 280 325 3.3e-13 50.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057776447.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 281 311 7.9e-29 98.6 PPR repeat
XP_057776447.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 316 344 7.9e-29 98.6 PPR repeat
XP_057776447.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 353 377 7.9e-29 98.6 PPR repeat
XP_057776447.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 401 458 2.3e-12 47.7 E motif
XP_057776447.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 494 586 1.6e-39 134.3 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920464.1
ATGTATAAAAGAGAGGTGGAGCAGAGCTGCCTTCGCCTTCTTCACCTCTGCAACTCTTTCTCCAAACTCACTCAAATTCACGCAAGAATCCTCAAGCTCGGTCTGCAAAACAACCCTTTACTCCTCACCAAATTCACCTCCATTTCTTCACGCCTAAACGCCATCCACCACGCTTGTTCCTTCATCTTCTCCCCACAATCACAACCCCATAACTACGACGCCTTCCTCTTCAACACCGTCATCGCCGCTTTTGCGGAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995251
ATGTATAAAAGAGAGGTGGAGCAGAGCTGCCTTCGCCTTCTTCACCTCTGCAACTCTTTCTCCAAACTCACTCAAATTCACGCAAGAATCCTCAAGCTCGGTCTGCAAAACAACCCTTTACTCCTCACCAAATTCACCTCCATTTCTTCACGCCTAAACGCCATCCACCACGCTTGTTCCTTCATCTTCTCCCCACAATCACAACCCCATAACTACGACGCCTTCCTCTTCAACACCGTCATCGCCGCTTTTGCGGAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776447.1
MYKREVEQSCLRLLHLCNSFSKLTQIHARILKLGLQNNPLLLTKFTSISSRLNAIHHACSFIFSPQSQPHNYDAFLFNTVIAAFAESPHFKRNSIFHYNKMLINSVQPNNYTYPFLLKACAGIRDLNLGESVHASVLKLGFHSETHVLNAMLHMYCCCEDGIWYAEKVFDEMTHRSSVAWNTMIGGYVRRGSSAAAMRLFRSMQIAGARPDEITMVTVLSACADLGALELGRWVESYVERAGLEMGEKLCNALIDMFAKC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器