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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004684

染色体: Chr07 坐标: 59795308-59797294 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004684
名称SmilChr07G004684
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g17525, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59795308 - 59797294 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995249
GeneID130995249
locus_tag-
NCBI NameLOC130995249
原始查询SmilChr07G004684

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g17525, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g17525%2C mitochondrial
ArabidopsisAT2G17525 (AT2G17525)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816259]
identity=52.6; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0597200 (YSA)
-
identity=26.8; qcov=0.938; evalue=2.32e-64; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995249

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057776446.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776446.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776446.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776446.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776446.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59795330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr7:59795385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C24
Chr7:59795399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr7:59795502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B17,B25,C35
Chr7:59795607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:59795613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C23,C39,D5
Chr7:59795817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B69,C38
Chr7:59795834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B136,B66,B8,D2
Chr7:59795901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B133
Chr7:59795907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr7:59795937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:59796197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B49,C14,C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776446.1
626 aa
N
1
313
626
PPR
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 75-103 aa PF01535 PPR 182-212 aa PF13812 PPR_3 202-258 aa PF12854 PPR_1 211-242 aa PF13041 PPR_2 215-244 aa PF01535 PPR 217-244 aa PF23276 TPR_24 241-334 aa PF01535 PPR 248-277 aa PF01535 PPR 288-312 aa PF13812 PPR_3 304-359 aa PF12854 PPR_1 312-344 aa PF13041 PPR_2 316-363 aa PF01535 PPR 318-348 aa PF12854 PPR_1 346-379 aa PF13041 PPR_2 350-398 aa PF01535 PPR 354-383 aa PF13812 PPR_3 374-417 aa PF01535 PPR 388-416 aa PF01535 PPR 426-451 aa PF01535 PPR 467-487 aa PF12854 PPR_1 486-518 aa PF01535 PPR 495-520 aa PF13041 PPR_2 527-573 aa PF01535 PPR 528-558 aa PF01535 PPR 564-593 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776446.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 75 103 6.2e-66 214.9 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 182 212 6.2e-66 214.9 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 202 258 1.4e-38 131.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057776446.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 211 242 4.2e-84 276.6 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 215 244 3.5e-84 277.5 PPR repeat family
XP_057776446.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 217 244 6.2e-66 214.9 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 241 334 3.3e-27 95.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057776446.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 248 277 6.2e-66 214.9 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 288 312 6.2e-66 214.9 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 304 359 1.4e-38 131.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057776446.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 312 344 4.2e-84 276.6 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 316 363 3.5e-84 277.5 PPR repeat family
XP_057776446.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 318 348 6.2e-66 214.9 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 346 379 4.2e-84 276.6 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 350 398 3.5e-84 277.5 PPR repeat family
XP_057776446.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 354 383 6.2e-66 214.9 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 374 417 1.4e-38 131.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057776446.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 388 416 6.2e-66 214.9 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 426 451 6.2e-66 214.9 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 467 487 6.2e-66 214.9 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 486 518 4.2e-84 276.6 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 495 520 6.2e-66 214.9 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 527 573 3.5e-84 277.5 PPR repeat family
XP_057776446.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 528 558 6.2e-66 214.9 PPR repeat
XP_057776446.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 564 593 6.2e-66 214.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920463.1
ATGTCTAATATCTTCAAAGTTTCAAAAATCCTAATAATCAGTAAAAGGGGCTTGCTTTTTTCCTCACACAATCGATTGAGATTCATCTCAGCTGCAGCAGCCTCTGTTTTAGTTCCAACCCACCACCAAATAAGCCGTCTCATTTTGGAGCAGAAATCAGCCAACGAAGCTCTCAAAACCTTCGAATGGGCCTCGGCGATTCCCAGCTTCACACACGATGTCTCCACGTACCGAGCTTTGATCCACAAGCTCTGCACTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995249
ATGTCTAATATCTTCAAAGTTTCAAAAATCCTAATAATCAGTAAAAGGGGCTTGCTTTTTTCCTCACACAATCGATTGAGATTCATCTCAGCTGCAGCAGCCTCTGTTTTAGTTCCAACCCACCACCAAATAAGCCGTCTCATTTTGGAGCAGAAATCAGCCAACGAAGCTCTCAAAACCTTCGAATGGGCCTCGGCGATTCCCAGCTTCACACACGATGTCTCCACGTACCGAGCTTTGATCCACAAGCTCTGCACTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776446.1
MSNIFKVSKILIISKRGLLFSSHNRLRFISAAAASVLVPTHHQISRLILEQKSANEALKTFEWASAIPSFTHDVSTYRALIHKLCTFRQFNVVEKLLDEMPKRIGTLPDEDIFITIARGFGRARMIREVIRVLDMVAKFGKAAPSLKLLNTILDVLVKEDIDIAREFYRKKIVGIGLKGDDYTYGILMKGFCLTNRIGDGFKLLQIMKNHGVEVNVVVYNTLIHALCKNGKVGRARSMMNEMGKYSDVTFNILVSTYCNE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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