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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004694

染色体: Chr07 坐标: 59859952-59862718 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004694
名称SmilChr07G004694
描述probable clathrin assembly protein At4g32285
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59859952 - 59862718 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995263
GeneID130995263
locus_tag-
NCBI NameLOC130995263
原始查询SmilChr07G004694

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable clathrin assembly protein At4g32285
产物probable clathrin assembly protein At4g32285
ArabidopsisAT2G25430 (AT2G25430)
epsin N-terminal homology (ENTH) domain-containing protein / clathrin assembly protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817081]
identity=65.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0275500
-
identity=61.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000149 (SNARE binding); GO:0005545 (1-phosphatidylinositol binding); GO:0005546 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding); GO:0005905 (clathrin-coated pit); GO:0006900 (vesicle budding from membrane); GO:0030136 (clathrin-coated vesicle); GO:0032050 (clathrin heavy chain binding); GO:0048268 (clathrin coat assembly); GO:0072583 (clathrin-dependent endocytosis)
KEGG-
PfamPF01417 (ENTH); PF07651 (ANTH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995263

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057776473.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057776473.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776473.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776473.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776473.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59860288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:59860498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr7:59860547 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B45
Chr7:59860547 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B45
Chr7:59860700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B133,B136,B86,C21
Chr7:59860757 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B67,C24,C77
Chr7:59860829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B115,B96
Chr7:59861072 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr7:59861255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr7:59861342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr7:59861446 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,D10
Chr7:59861502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776473.1
662 aa
N
1
331
662
ENTH
ANTH
ANTH
C
PF01417 ENTH 31-146 aa PF07651 ANTH 31-161 aa PF07651 ANTH 240-377 aa
XP_057776474.1
662 aa
N
1
331
662
ENTH
ANTH
ANTH
C
PF01417 ENTH 31-146 aa PF07651 ANTH 31-161 aa PF07651 ANTH 240-377 aa
XP_057776475.1
662 aa
N
1
331
662
ENTH
ANTH
ANTH
C
PF01417 ENTH 31-146 aa PF07651 ANTH 31-161 aa PF07651 ANTH 240-377 aa
XP_057776476.1
662 aa
N
1
331
662
ENTH
ANTH
ANTH
C
PF01417 ENTH 31-146 aa PF07651 ANTH 31-161 aa PF07651 ANTH 240-377 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776473.1 Pfam PF01417 ENTH Repeat 31 146 2.4e-07 31.5 ENTH domain
XP_057776473.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 31 161 1.6e-75 254.4 ANTH domain
XP_057776473.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 240 377 1.6e-75 254.4 ANTH domain
XP_057776474.1 Pfam PF01417 ENTH Repeat 31 146 2.4e-07 31.5 ENTH domain
XP_057776474.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 31 161 1.6e-75 254.4 ANTH domain
XP_057776474.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 240 377 1.6e-75 254.4 ANTH domain
XP_057776475.1 Pfam PF01417 ENTH Repeat 31 146 2.4e-07 31.5 ENTH domain
XP_057776475.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 31 161 1.6e-75 254.4 ANTH domain
XP_057776475.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 240 377 1.6e-75 254.4 ANTH domain
XP_057776476.1 Pfam PF01417 ENTH Repeat 31 146 2.4e-07 31.5 ENTH domain
XP_057776476.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 31 161 1.6e-75 254.4 ANTH domain
XP_057776476.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 240 377 1.6e-75 254.4 ANTH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920490.1
AGACTCCACTCACTCTGTTGTGTAGTTTTATTTATGTCCAAACAAGAAAAAACACAAGGAAAACTTTGTGAAATTGGGCCTTTTTGATCAAATCAGACGGCTCACAATCTTCCAAATTTCCTCGTGTAACATTGTTGTTTACCATCGTTTACTTCAACTTTACCCTTCTCTCTCTCTCTCCAAACCTCGCAGCGCGTATCTAGTTATTAGAGAGAGGAATTTTCCCGTCAAATCGAATTCCAACTTCCTATAGTAATTTT...
XM_057920493.1
ACTTTGTGAAATTGGGCCTTTTTGATCAAATCAGACGGCTCACAATCTTCCAAATTTCCTCGTGTAACATTGTTGTTTACCATCGTTTACTTCAACTTTACCCTTCTCTCTCTCTCTCCAAACCTCGCAGCGCGTATCTAGTTATTAGAGAGAGGAATTTTCCCGTCAAATCGAATTCCAACTTCCTATAGTAATTTTTTCTAGATCTGTCGGTGCATTCATATCGTATCGCATTGCTTCTGCGCGGATCGAAGTGCTTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130995263
ATGGCTCCAAGCACGCTGCGGAAGGCGATCGGGGCGGTGAAGGATCAGACGAGCATCGGAATCGCTAAAGTTGCTAGCAATTTGGCGCCGGAGCTGGAGGTCGCCGTCGTCAAGGCGACTGGCCACGACAACGACCCCGCGTCCGAGAAGTATATAAGGGAAATACTGCAATTGACGACGTATTCTCATGGATACGTGAGCGCTTGTGTTGTCTTAGTGTCGAAGAGATTGGGGAAGACACGTGATTGGATTGTTGCCCT...
LOC130995263
ATGGCTCCAAGCACGCTGCGGAAGGCGATCGGGGCGGTGAAGGATCAGACGAGCATCGGAATCGCTAAAGTTGCTAGCAATTTGGCGCCGGAGCTGGAGGTCGCCGTCGTCAAGGCGACTGGCCACGACAACGACCCCGCGTCCGAGAAGTATATAAGGGAAATACTGCAATTGACGACGTATTCTCATGGATACGTGAGCGCTTGTGTTGTCTTAGTGTCGAAGAGATTGGGGAAGACACGTGATTGGATTGTTGCCCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057776473.1
MAPSTLRKAIGAVKDQTSIGIAKVASNLAPELEVAVVKATGHDNDPASEKYIREILQLTTYSHGYVSACVVLVSKRLGKTRDWIVALKCLVLIHRLLNEGDVVFQQELMYATRRGTRLLNLSDFRDEAHSNSWDHSAFVRTYALYLDQKLELMAYERKQGGKGGEVDRFGGRDGRSNYRSPPESSSRGRDYDYGRDDRPGYRSPPGSNRGYDHDVNGYRDEPNNGMRRSRSSGDVIESTNDKKDATPLREMALEKIFGKM...
XP_057776474.1
MAPSTLRKAIGAVKDQTSIGIAKVASNLAPELEVAVVKATGHDNDPASEKYIREILQLTTYSHGYVSACVVLVSKRLGKTRDWIVALKCLVLIHRLLNEGDVVFQQELMYATRRGTRLLNLSDFRDEAHSNSWDHSAFVRTYALYLDQKLELMAYERKQGGKGGEVDRFGGRDGRSNYRSPPESSSRGRDYDYGRDDRPGYRSPPGSNRGYDHDVNGYRDEPNNGMRRSRSSGDVIESTNDKKDATPLREMALEKIFGKM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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