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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004700

染色体: Chr07 坐标: 59898530-59900069 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004700
名称SmilChr07G004700
描述ER membrane protein complex subunit 8/9 homolog
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59898530 - 59900069 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995267
GeneID130995267
locus_tag-
NCBI NameLOC130995267
原始查询SmilChr07G004700

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ER membrane protein complex subunit 8/9 homolog
产物ER membrane protein complex subunit 8/9 homolog
ArabidopsisAT5G55940 (emb2731)
Uncharacterized protein family (UPF0172) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835692]
identity=62.6; qcov=1.04; evalue=1.06e-66; confidence=high
RiceOs04g0270200
-
identity=54.5; qcov=0.863; evalue=6.66e-44; confidence=medium
GOGO:0072546 (EMC complex)
KEGG-
PfamPF03665 (UPF0172)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995267

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057776481.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057776481.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057776481.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057776481.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776481.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59899740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B90

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776481.1
168 aa
N
1
84
168
UPF0172
C
PF03665 UPF0172 7-139 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776481.1 Pfam PF03665 UPF0172 Family 7 139 1.6e-44 152.8 Uncharacterised protein family (UPF0172)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920498.1
GAATTTAAATATGAATACGAGTCAATGTTTAAGTGCGGATCAACCCGATTATATGGTACATGCATTACCCAAATTTATGGGCTTGCTTTACACGAATAGAAGAAAGAAACAGGAAAAACAGAAGATAAAGAAAGAAAAGGCAAGCCCTAATCCCAATTTGGTTTATGCGACTCAGAATCTCACCGGAATTGAATTGATTGGGCTGAGAGAATCATGGGTGGTGAATCGCGGTACGAGATCCACCAGACCGCCTACATTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995267
ATGGGTGGTGAATCGCGGTACGAGATCCACCAGACCGCCTACATTAAGCTGGTCCTCCACGCCCTAAAGCACCGGACCTCCGCCGTCAATGCCGTCCTCCTTGGCCGCTCCGCCGCCGCCGGAGTCGAGATCGTTGACTCCGTTCCCCTCTTCCACTCGCAGATCGGTCTCCTTCCCCCACTTGAAATCGCGCTCATTATGATAGAGGAGTATTATGAAGAAAAAGGCTTGAGCATCGTGGGCTACTTTCATGCTAATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776481.1
MGGESRYEIHQTAYIKLVLHALKHRTSAVNAVLLGRSAAAGVEIVDSVPLFHSQIGLLPPLEIALIMIEEYYEEKGLSIVGYFHANERYDDFELGSVAKNIGDHITRYFPQAAVLLLDNKKLESLQKGKDRSPVVQVISATILNRGCKIENFEPLFLFMLRTYISYVI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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