当前解析结果
SmilChr07G004701| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004701 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004701 |
| 描述 | ER membrane protein complex subunit 8/9 homolog |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 59909134 - 59912336 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995269 |
|---|---|
| GeneID | 130995269 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995269 |
| 原始查询 | SmilChr07G004701 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ER membrane protein complex subunit 8/9 homolog |
| 产物 | ER membrane protein complex subunit 8/9 homolog |
| Arabidopsis | AT5G55940 (emb2731)Uncharacterized protein family (UPF0172) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835692] identity=71.78; qcov=0.99; evalue=1.87e-105; confidence=high |
| Rice | Os04g0270200- identity=57.21; qcov=0.995; evalue=2.53e-79; confidence=high |
| GO | GO:0072546 (EMC complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03665 (UPF0172) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995269 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057776482.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057776482.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057776482.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057776482.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:59909319 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B101 |
Chr7:59909319 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr7:59909421 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B139,B54 |
Chr7:59911888 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776482.1PF03665
UPF0172 7-199 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776482.1 |
Pfam | PF03665 |
UPF0172 | Family | 7 | 199 | 1.5e-62 | 211.7 | Uncharacterised protein family (UPF0172) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。