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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004704

染色体: Chr07 坐标: 59920779-59923438 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004704
名称SmilChr07G004704
描述uncharacterized SmilChr07G004704
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59920779 - 59923438 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995271
GeneID130995271
locus_tag-
NCBI NameLOC130995271
原始查询SmilChr07G004704

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995271

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776485.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057776485.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057776485.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057776485.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776485.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59921179 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 12 A15,A24,B112,B137,B18,B30,B53,B78,C18,C31,C42,C48
Chr7:59921236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr7:59921266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:59921277 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 22 A15,A16,A21,B117,B135,B19,B21,B4,B50,B57,B69,B74,B75,B78,B79,B81,B84,C47,C51,C78,C85,D10
Chr7:59921289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr7:59921304 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 D10
Chr7:59921304 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 D10
Chr7:59921356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B90
Chr7:59921373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B33
Chr7:59921382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B35
Chr7:59921440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,D9
Chr7:59921444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920502.1
CGAGATTGAATTGTTCGGAGATGGCCCGAGATTATTTTTGCAATAGGGGTAAGGCAAAGACTCGTAAGTCATAACTATCTCGAGATTAGTATTGAGTTATATTTATATCTAATTCTACAAATCGAACATCTTTTTGTGATATGTTATGACATTATTTTGGTTGGATGAATTTGATAGCTTTAATTAAGGCACTGTAATCAATATATAATTTTTTTCCTAATCAATTTTAAACTCAGGCTAAAAGAAAATCGTTATCCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995271
ATGGCTTCATCGTCTTCATTCTCATTTAATATCCCCGCAATGCGTTTGCGGAATACTTTAGATAGTGTTAATCAGTCTTACCGAAGTATGAGCCGTGAAAACAAACAGGAGTTTTGTCGTTTTACTAACGCAATTTTCAAATCTAGCAATTTGAATTATAGGATTTGGACGCAAGATGATGGTAGTTTTCGCTTAGGCAGCCGTCCTAGTGAAGACACTCGGTCTGATGCCGTCAATTTTCAAGACAGGGAGGAGCGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776485.1
MASSSSFSFNIPAMRLRNTLDSVNQSYRSMSRENKQEFCRFTNAIFKSSNLNYRIWTQDDGSFRLGSRPSEDTRSDAVNFQDREERQSEREMDRDEDNTESDATNFQVTEEGRGRGRGRGLLPPPAPPPQAQIGADIQRRIDRQNQNRNQRAIDRVAKRVQPQPEQHNVEAEPPPGPQPEDEQHNEEEEPQNLLLDNVDNENLGPHDLSPENLGPQNLLTAGDGEREEQAVDNENLGPHDLSPENLGPQNLLTVGDEDED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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