当前解析结果
SmilChr07G004719| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004719 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004719 |
| 描述 | putative late blight resistance protein homolog R1B-16 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 60068475 - 60071213 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994548 |
|---|---|
| GeneID | 130994548 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994548 |
| 原始查询 | SmilChr07G004719 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative late blight resistance protein homolog R1B-16 |
| 产物 | putative late blight resistance protein homolog R1B-16 |
| Arabidopsis | AT3G46530 (RPP13)NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=29.9; qcov=0.718; evalue=6.98e-59; confidence=low |
| Rice | Os11g0633500- identity=35.6; qcov=0.416; evalue=1.41e-62; confidence=low |
| GO | GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994548 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057775573.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057775573.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057775573.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775573.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775573.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:60068477 |
A |
AGT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | C21,C33 |
Chr7:60068477 |
A |
AGT |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | C21,C33 |
Chr7:60068478 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | C21,C33 |
Chr7:60068478 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | C21,C33 |
Chr7:60068496 |
A |
ACC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B113,B63 |
Chr7:60068496 |
A |
ACC |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B113,B63 |
Chr7:60068510 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B97 |
Chr7:60068512 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
Chr7:60068513 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B44,C11,D6 |
Chr7:60068514 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B76,C1 |
Chr7:60068523 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B44,C11,D6 |
Chr7:60068538 |
GCA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B69,C21,C33,C61,C73 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775573.1PF00931
NB-ARC 197-358 aa
PF23559
WHD_DRP 454-514 aa
PF23598
LRR_14 569-871 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775573.1 |
Pfam | PF00931 |
NB-ARC | Domain | 197 | 358 | 3.4e-40 | 138.2 | NB-ARC domain |
XP_057775573.1 |
Pfam | PF23559 |
WHD_DRP | Domain | 454 | 514 | 6.8e-18 | 65.2 | Disease resistance protein Winged helix domain |
XP_057775573.1 |
Pfam | PF23598 |
LRR_14 | Repeat | 569 | 871 | 3.7e-13 | 49.7 | Leucine-rich repeat region |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。