当前解析结果
SmilChr07G004720| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004720 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004720 |
| 描述 | disease resistance protein RPP13-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 60085419 - 60087348 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995285 |
|---|---|
| GeneID | 130995285 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995285 |
| 原始查询 | SmilChr07G004720 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | disease resistance protein RPP13-like |
| 产物 | disease resistance protein RPP13-like |
| Arabidopsis | AT3G46530 (RPP13)NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=37.3; qcov=0.914; evalue=4.03e-42; confidence=medium |
| Rice | Os11g0633500- identity=35.9; qcov=0.939; evalue=6.37e-48; confidence=medium |
| GO | GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00931 (NB-ARC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995285 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057776505.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776505.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776505.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057776505.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057776505.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:60085973 |
C |
CAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B78 |
Chr7:60085973 |
C |
CAT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr7:60086017 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B50,C15 |
Chr7:60086023 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,C14 |
Chr7:60086046 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C30,D3 |
Chr7:60086047 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,B95,C55 |
Chr7:60086054 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,B26,B31,B97,D3 |
Chr7:60086055 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr7:60086059 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B26,C30,C57,D3 |
Chr7:60086061 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,C79 |
Chr7:60086068 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A13,B125,D10 |
Chr7:60086094 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,C10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776505.1PF00931
NB-ARC 45-205 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776505.1 |
Pfam | PF00931 |
NB-ARC | Domain | 45 | 205 | 7.5e-44 | 150.1 | NB-ARC domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。