Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004725`

染色体: Chr07 坐标: 60123770-60126643 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004725`
名称	SmilChr07G004725
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-3
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	60123770 - 60126643 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994549`
GeneID	`130994549`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994549`
原始查询	`SmilChr07G004725`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-3
产物	putative late blight resistance protein homolog R1A-3
Arabidopsis	`AT1G50180` (AT1G50180) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841440] identity=33.5; qcov=0.511; evalue=5.57e-61; confidence=low
Rice	`Os11g0633500` - identity=36; qcov=0.392; evalue=3.72e-67; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994549

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057775574.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057775574.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057775574.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775574.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775574.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:60123781`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	27	B101,B121,B128,B129,B137,B18,B2,B21,B23,B35,B38,B39,B71,C31,C40,C43,C50,C51,C55,C57,C58,C59,C70,C71,C78,C87,D4
`Chr7:60123873`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	A10,A18,B1,B13
`Chr7:60123873`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	4	A10,A18,B1,B13
`Chr7:60123878`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	frameshift_variant	13	B122,B128,B136,B28,B3,B30,B39,B99,C28,C4,C64,C66,D6
`Chr7:60123884`	`GTC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	13	B122,B128,B136,B28,B3,B30,B39,B99,C28,C4,C64,C66,D6
`Chr7:60123907`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C17,C40
`Chr7:60123924`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B5,B58
`Chr7:60123964`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,A18
`Chr7:60123967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,C34
`Chr7:60123971`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B90,B92
`Chr7:60123971`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr7:60123980`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	24	A7,A9,B122,B128,B16,B28,B51,B68,B76,B78,B83,B88,C10,C16,C21,C32,C36,C47,C49,C59,C64,C7,D1,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775574.1

957 aa

478

957

NB-ARC

WHD_DRP

PF00931 NB-ARC 234-395 aa PF23559 WHD_DRP 488-550 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775574.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	234	395	1.9e-43	148.8	NB-ARC domain
`XP_057775574.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	488	550	1e-17	64.7	Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919591.1
ATGGCAGCTTATGCAGCTCTCGCTTCTCTCTTGAATACCATTCAGCAGATGATGACCCATCCTACCCTTTCCACTTCTTTCCACAACATTAATCAGATCCAATCCCTTCAGGAGAAGGCTGATTTGTTGCTCGATTTCATAGAGACCTTTAATTATGGTGGAGTTAGCGAAGAAGCACAACATCTCGAAAGCCTAATCACATCTGCTGCTCATACAGCCCAAGATATGATTGAATCTCACATCGTCAATCAACTCCTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994549
ATGGCAGCTTATGCAGCTCTCGCTTCTCTCTTGAATACCATTCAGCAGATGATGACCCATCCTACCCTTTCCACTTCTTTCCACAACATTAATCAGATCCAATCCCTTCAGGAGAAGGCTGATTTGTTGCTCGATTTCATAGAGACCTTTAATTATGGTGGAGTTAGCGAAGAAGCACAACATCTCGAAAGCCTAATCACATCTGCTGCTCATACAGCCCAAGATATGATTGAATCTCACATCGTCAATCAACTCCTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775574.1
MAAYAALASLLNTIQQMMTHPTLSTSFHNINQIQSLQEKADLLLDFIETFNYGGVSEEAQHLESLITSAAHTAQDMIESHIVNQLLPLSAHDREAALSFSLYLQKKRAIEEKNAADNRESTFNFSLYLQNKREIEKKITPVAGDGCWINFMQLIKNQLERKKGQLERKMHQADLSCLEYLRQIIEDMDAIIGKANELMEKQRVREDQPPTHSTPQYTQTGEETAMVGFRDELIQLLDELTGQRSNLHTISIVGMGGMGKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器