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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004732

染色体: Chr07 坐标: 60191608-60195057 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004732
名称SmilChr07G004732
描述uncharacterized SmilChr07G004732
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向60191608 - 60195057 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995293
GeneID130995293
locus_tag-
NCBI NameLOC130995293
原始查询SmilChr07G004732

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817065]; symbol=AT2G25270; hit=AT2G25270; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817065]; symbol=AT2G25270; hit=AT2G25270; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G25270 (AT2G25270)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817065]
identity=55.4; qcov=0.844; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0799300
-
identity=49.8; qcov=0.935; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009506 (plasmodesma)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995293

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057776512.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776512.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776512.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776512.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776512.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:60191799 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 4 B58,C23,C27,C31
Chr7:60191799 T TCC 2bp_insertion CDS_variant 4 B58,C23,C27,C31
Chr7:60192031 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B58,C23,C27,C31
Chr7:60192138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B13,B73,C85
Chr7:60192442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,A24,B34,B9,C42
Chr7:60192473 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,A24,B34,B9,C42
Chr7:60192804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B46
Chr7:60192923 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:60193103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B46
Chr7:60193145 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:60193168 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:60193226 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 13 A2,A5,B112,B49,B69,B88,C20,C54,C56,C57,C58,C72,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920529.1
TAACACCCAATTGTACGGGTATTATATGGTACACCCGATTGTACACAAGTTTTTTGTGTTTACGTTGTAAATGGTATTTTAAGTTCTGAGCGTAAAATTTACACTTTCCTTTATATATAAATTGTTCATTCTACTTCTAAAGCCATTTTCCCCTTAACGTTATAAAATGATTTTCTAAAACTATATTCTCATGGACTTGATCAATGGCTGGTTTCTTTTGCACGATTACAGCATCCAAAAAAAAAAAAATCCGGCGTTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995293
ATGTCACCATTCTTGATGAAGCCATTATTACTGTATTTCTCCCTTGTGACTGTCACCACCACTTCTCTGCTGCCATTTTCTTCATCAGTCGGAGCCGGAGAGGAGGGGGTTCCCTCCTCTCCGGCTTTCTACGACGCGTTCCAGCCATCTCCGGAGACGTCGCTCGCACCCAACAACTTGGATGGACAAGATTTGGACCCAACACTTGTGTTAGCTCCAAGGAGAACTTACAGAAAAGACCCTCTTGATCACTTTCAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776512.1
MSPFLMKPLLLYFSLVTVTTTSLLPFSSSVGAGEEGVPSSPAFYDAFQPSPETSLAPNNLDGQDLDPTLVLAPRRTYRKDPLDHFQMYTAGWNLTNRHYWASVSYTAAPFFAIAAIWFVTFGICLSLICLCYCIRRRKEPFAYSPIAYVLSLIFILLLSIAAVIGCVVLYTGQEKMYSSIIDTLNYVVSEADETSDTLRNVSQHLVAAKQTTVVQVSLPPTVQTDIDQLQGMLEASATTLATKTEENSRDVKKLMDSVRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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