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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004736

染色体: Chr07 坐标: 60223975-60231581 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004736
名称SmilChr07G004736
描述flotillin-like protein 3
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向60223975 - 60231581 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996286
GeneID130996286
locus_tag-
NCBI NameLOC130996286
原始查询SmilChr07G004736

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述flotillin-like protein 3
产物flotillin-like protein 3
ArabidopsisAT5G25260 (AT5G25260)
SPFH/Band 7/PHB domain-containing membrane-associated protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832597]
identity=69.3; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0481500 (FLOT1)
-
identity=69.3; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0044853 (plasma membrane raft); GO:0072659 (protein localization to plasma membrane)
KEGG-
PfamPF01145 (Band_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996286

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057777774.1
2 Membrane raft 膜筏 0.40000 XP_057777774.1
3 Melanosome Melanosome 0.40000 XP_057777774.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777774.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777774.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:60224306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C5
Chr7:60224323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr7:60224342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:60230272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C28
Chr7:60230357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B6,C21,C58,C67
Chr7:60230465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,C33
Chr7:60230531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr7:60230594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr7:60230619 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 2 C31,C58
Chr7:60230619 GC G 1bp_deletion CDS_variant 2 C31,C58
Chr7:60230666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B133,B80,C70,D10
Chr7:60230761 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 11 A10,B114,B12,B131,B53,B59,B66,B78,C28,C38,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777774.1
482 aa
N
1
241
482
Band_7
C
PF01145 Band_7 6-183 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777774.1 Pfam PF01145 Band_7 Domain 6 183 1.2e-21 78.2 SPFH domain / Band 7 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921791.1
TTGAGATCGAAACTCCCAAGAATAATCCTAATTAGCGTAGGATTGTGAGATAGCATGCTTATAAAAGGAGCTAGTAATCGGCCAATTGGTTAGGATCATACCATCACACAAATAAACAAACAAACATCTCAAGATCGAATTAGAGTTGAGAGATATGTATAAAGTAGCTCGAGCGTCGGAATACCTCGTGATAACGGGAGGATGGATCAAGGACATGAAGCTGACCCGGAAGTCGTGGGTGCTTCCGGGGCAGACTTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996286
ATGTATAAAGTAGCTCGAGCGTCGGAATACCTCGTGATAACGGGAGGATGGATCAAGGACATGAAGCTGACCCGGAAGTCGTGGGTGCTTCCGGGGCAGACTTGCACCCGCATCGACCTCTCCCCGGTCAACTACACCTTCGAGGTGCAGGCCATGAGCGCCGAGAAGCTCCCCTTCATCCTCCCGGCCGTCTTCACCATCGGGCCGCGTGCAGACGATCGGGACAGCCTCCTCAAGTACGCGAAGCTGATGTCGAACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777774.1
MYKVARASEYLVITGGWIKDMKLTRKSWVLPGQTCTRIDLSPVNYTFEVQAMSAEKLPFILPAVFTIGPRADDRDSLLKYAKLMSNHDTTSNHVNELVQGVIEGETRVLAASMTMEEIFRGTKQFKQEVFDKVQLELNQFGLLIYNANVKQLVDVAGHEYFSYLGQKVQMEAANQAKIDVAEARMKGEVGAKQRDGQTKQNAAKIDAETKIVSTQRHGEGKKQEIKVDTEVKVYQNQQEAVAAEASAHLAKKKAGWAKEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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