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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000002

染色体: Chr08 坐标: 27547-29579 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000002
名称SmilChr08G000002
描述uncharacterized SmilChr08G000002
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向27547 - 29579 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996980
GeneID130996980
locus_tag-
NCBI NameLOC130996980
原始查询SmilChr08G000002

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=33.3; qcov=0.121; evalue=1.1e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996980

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778244.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057778244.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057778244.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057778244.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778244.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:27549 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 7 A15,A6,B118,B121,B39,C79,D7
Chr8:27554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,D1
Chr8:27595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B19,B9,B99,C45,C67
Chr8:27604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,C25,C38,C50,D10
Chr8:27730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B21,C67
Chr8:27756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr8:27769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B64,C1
Chr8:27802 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr8:28731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr8:28766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,B87,C10
Chr8:28813 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B48,B60,B90,C21,D4
Chr8:28813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B48,B60,B90,C21,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922261.1
ATGCCCCGTTCTTCTCGTACAGGCGTATTAGTTTTTGATCCAGAAATCGAGAAGACCGCACGAAAGTTGAAGAAGCAAGCTAAGGAGTGGAAAAAGAGATCCAATTCTGCTCCACCGAGTATTGAGGATCAAGAAGAAATTGAAGATCCAATGGGTGACCGTAATAATAGGGATGAGGAGAACGATAGAGAGATCGTTGATCCTCGACAGGAACCACCTCAACTGATCAGAGAGTTAGGCCGTCATAGAAGCAATCGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996980
ATGCCCCGTTCTTCTCGTACAGGCGTATTAGTTTTTGATCCAGAAATCGAGAAGACCGCACGAAAGTTGAAGAAGCAAGCTAAGGAGTGGAAAAAGAGATCCAATTCTGCTCCACCGAGTATTGAGGATCAAGAAGAAATTGAAGATCCAATGGGTGACCGTAATAATAGGGATGAGGAGAACGATAGAGAGATCGTTGATCCTCGACAGGAACCACCTCAACTGATCAGAGAGTTAGGCCGTCATAGAAGCAATCGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778244.1
MPRSSRTGVLVFDPEIEKTARKLKKQAKEWKKRSNSAPPSIEDQEEIEDPMGDRNNRDEENDREIVDPRQEPPQLIRELGRHRSNRPLCIVLPAINGNAEIRPGFIQVLPKFGDLPGESAHKHLAEFDLVCSTLRPHGFTENNLRLLTFSHTLQGRARDWLFDLPPGSIRTWGDLEEQFLRKFFPESRAANLRMAISSIKQKKAESLADYWERFQQLCRKCPDHGFSDYQLLTNYFYRGMSSFDRKIVDAACGGSLTNKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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