当前解析结果
SmilChr08G000002| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000002 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000002 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000002 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 27547 - 29579 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130996980 |
|---|---|
| GeneID | 130996980 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996980 |
| 原始查询 | SmilChr08G000002 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os12g0292200- identity=33.3; qcov=0.121; evalue=1.1e-06; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996980 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057778244.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057778244.1 |
| 3 | Cytoplasmic ribonucleoprotein granule | Cytoplasmic ribonucleoprotein granule | 0.40000 | XP_057778244.1 |
| 4 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.20000 | XP_057778244.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778244.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:27549 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A15,A6,B118,B121,B39,C79,D7 |
Chr8:27554 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C15,D1 |
Chr8:27595 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B19,B9,B99,C45,C67 |
Chr8:27604 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,C25,C38,C50,D10 |
Chr8:27730 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B19,B21,C67 |
Chr8:27756 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B67 |
Chr8:27769 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B64,C1 |
Chr8:27802 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr8:28731 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B71 |
Chr8:28766 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B71,B87,C10 |
Chr8:28813 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | B48,B60,B90,C21,D4 |
Chr8:28813 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B48,B60,B90,C21,D4 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。