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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000005

染色体: Chr08 坐标: 72446-89399 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000005
名称SmilChr08G000005
描述uncharacterized SmilChr08G000005
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向72446 - 89399 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999628
GeneID130999628
locus_tag-
NCBI NameLOC130999628
原始查询SmilChr08G000005

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829968]; symbol=AT4G38120; hit=AT4G38120; species=arabidopsis; confidence=medium
产物ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829968]; symbol=AT4G38120; hit=AT4G38120; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G38120 (AT4G38120)
ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829968]
identity=42.2; qcov=0.982; evalue=0; confidence=medium
RiceOs08g0152900
-
identity=43.8; qcov=0.31; evalue=5.75e-64; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF13251 (DUF4042)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999628

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781196.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057781203.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057781202.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057781202.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781196.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:72673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C16,C33,C61
Chr8:72696 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr8:72791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B128,C51,C53,C83
Chr8:72812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C43,D11
Chr8:72844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,C83,C87,C9
Chr8:73060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:73464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr8:73870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B62,B7,B76,C56
Chr8:76685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B120,C86
Chr8:79400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C84
Chr8:79799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,C16,C33,C61
Chr8:79978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B22,B44,C17,C9,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781196.1
1203 aa
N
1
602
1203
DUF4042
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 392-454 aa PF13251 DUF4042 464-592 aa
XP_057781197.1
1200 aa
N
1
600
1200
DUF4042
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 392-454 aa PF13251 DUF4042 464-592 aa
XP_057781199.1
1198 aa
N
1
599
1198
DUF4042
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 392-454 aa PF13251 DUF4042 464-592 aa
XP_057781200.1
1182 aa
N
1
591
1182
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 392-571 aa
XP_057781201.1
1177 aa
N
1
588
1177
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 392-571 aa
XP_057781202.1
1053 aa
N
1
526
1053
DUF4042
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 242-304 aa PF13251 DUF4042 314-442 aa
XP_057781203.1
961 aa
N
1
480
961
DUF4042
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 392-454 aa PF13251 DUF4042 464-592 aa
XP_057781204.1
958 aa
N
1
479
958
DUF4042
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 392-454 aa PF13251 DUF4042 464-592 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781196.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 392 454 1.1e-37 130.2 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057781196.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 464 592 1.1e-37 130.2 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057781197.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 392 454 7.3e-38 130.8 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057781197.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 464 592 7.3e-38 130.8 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057781199.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 392 454 1.1e-37 130.2 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057781199.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 464 592 1.1e-37 130.2 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057781200.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 392 571 6.6e-44 150.5 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057781201.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 392 571 6.5e-44 150.5 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057781202.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 242 304 2.6e-38 132.3 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057781202.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 314 442 2.6e-38 132.3 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057781203.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 392 454 4.1e-38 131.6 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057781203.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 464 592 4.1e-38 131.6 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057781204.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 392 454 5.5e-38 131.2 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057781204.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 464 592 5.5e-38 131.2 Domain of unknown function (DUF4042)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925218.1
TTCAATTATTTTAGTTCTCACGAAATGAAAATGTAAGGCAATGTTAAACAACGGAAATCGACTTTCGATGTCGTCGTCGGCGGTGAGGTCATGGAGAACGGCGTTCCTGACCTTGAGGGACGAAAACTCGGCGTCGCCTCCTCGCGCCACCGTCATCCGCCTCTTTGACAATCTAATTTTATCCCAATCCGAATCTTTCGTCGCTGCTGCGCCGCAGTTGCCTCGGCACGAGCTTACATCCGACTTGATGCTATTACTGG...
XM_057925217.1
TTCAATTATTTTAGTTCTCACGAAATGAAAATGTAAGGCAATGTTAAACAACGGAAATCGACTTTCGATGTCGTCGTCGGCGGTGAGGTCATGGAGAACGGCGTTCCTGACCTTGAGGGACGAAAACTCGGCGTCGCCTCCTCGCGCCACCGTCATCCGCCTCTTTGACAATCTAATTTTATCCCAATCCGAATCTTTCGTCGCTGCTGCGCCGCAGTTGCCTCGGCACGAGCTTACATCCGACTTGATGCTATTACTGG...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130999628
ATGTTAAACAACGGAAATCGACTTTCGATGTCGTCGTCGGCGGTGAGGTCATGGAGAACGGCGTTCCTGACCTTGAGGGACGAAAACTCGGCGTCGCCTCCTCGCGCCACCGTCATCCGCCTCTTTGACAATCTAATTTTATCCCAATCCGAATCTTTCGTCGCTGCTGCGCCGCAGTTGCCTCGGCACGAGCTTACATCCGACTTGATGCTATTACTGGAGTTGGCTCGCGACCTCTCTTATTATCAACAAGGAATTGA...
LOC130999628
ATGTTAAACAACGGAAATCGACTTTCGATGTCGTCGTCGGCGGTGAGGTCATGGAGAACGGCGTTCCTGACCTTGAGGGACGAAAACTCGGCGTCGCCTCCTCGCGCCACCGTCATCCGCCTCTTTGACAATCTAATTTTATCCCAATCCGAATCTTTCGTCGCTGCTGCGCCGCAGTTGCCTCGGCACGAGCTTACATCCGACTTGATGCTATTACTGGAGTTGGCTCGCGACCTCTCTTATTATCAACAAGGAATTGA...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057781196.1
MLNNGNRLSMSSSAVRSWRTAFLTLRDENSASPPRATVIRLFDNLILSQSESFVAAAPQLPRHELTSDLMLLLELARDLSYYQQGIEDVTQTFVKLSGLIHGISHSSFLEMNSTMWGIVLDSFKRIVQIFLGSVETERAIIRNVSVIKPTKQCLESLRLLFSLCLTAASLSENGQLLNFVLEVVEYFHGDLKHSTYLSDNCSISRGVREVLTIAFAMIGEVYSRVGASLPVEIWKSTVVALRKVMDIMASKGLLLEDNTV...
XP_057781197.1
MLNNGNRLSMSSSAVRSWRTAFLTLRDENSASPPRATVIRLFDNLILSQSESFVAAAPQLPRHELTSDLMLLLELARDLSYYQQGIEDVTQTFVKLSGLIHGISHSSFLEMNSTMWGIVLDSFKRIVQIFLGSVETERAIIRNVSVIKPTKQCLESLRLLFSLCLTAASLSENGQLLNFVLEVVEYFHGDLKHSTYLSDNCSISRGVREVLTIAFAMIGEVYSRVGASLPVEIWKSTVVALRKVMDIMASKGLLLEDNTV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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