当前解析结果
SmilChr08G000016| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000016 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000016 |
| 描述 | MLO-like protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 128420 - 131539 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999642 |
|---|---|
| GeneID | 130999642 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999642 |
| 原始查询 | SmilChr08G000016 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MLO-like protein 1 |
| 产物 | MLO-like protein 1 |
| Arabidopsis | AT4G02600 (MLO1)Seven transmembrane MLO family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828229] identity=60.8; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0888600 (OsMLO5)- identity=61.3; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0006952 (defense response); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03094 (Mlo) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999642 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057781219.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781219.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781219.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781219.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057781219.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:128704 |
G |
GGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 85 | A10,A14,A15,A22,A24,A5,A6,B10,B100,B101,B105,B11,B112,B114,B118,B119,B12,B126,B128,B129,B134,B135,B137,B139,B22,B24,B25,B26,B27,B28,B34,B37,B41,B44,B49,B50,B51,B56,B6,B60,B62,B63,B64,B66,B67,B70,B75,B76,B79,B80,B82,B9,B95,B96,B99,C12,C13,C17,C20,C26,C29,C30,C36,C38,C42,C43,C45,C48,C5,C56,C58,C59,C62,C65,C67,C70,C72,C74,C78,C80,C9,D1,D11,D3,D8 |
Chr8:128709 |
AGT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 85 | A10,A14,A15,A22,A24,A5,A6,B10,B100,B101,B105,B11,B112,B114,B118,B119,B12,B126,B128,B129,B134,B135,B137,B139,B22,B24,B25,B26,B27,B28,B34,B37,B41,B44,B49,B50,B51,B56,B6,B60,B62,B63,B64,B66,B67,B70,B75,B76,B79,B80,B82,B9,B95,B96,B99,C12,C13,C17,C20,C26,C29,C30,C36,C38,C42,C43,C45,C48,C5,C56,C58,C59,C62,C65,C67,C70,C72,C74,C78,C80,C9,D1,D11,D3,D8 |
Chr8:129226 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:129283 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B138,B14,B73,C72 |
Chr8:129290 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr8:129296 |
GGC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B106,B67 |
Chr8:129296 |
GGC |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | B106,B67 |
Chr8:129302 |
G |
GGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B106,B67 |
Chr8:129302 |
G |
GGC |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B106,B67 |
Chr8:129307 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B128,D8 |
Chr8:129310 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,B67 |
Chr8:129834 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781219.1PF03094
Mlo 11-471 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781219.1 |
Pfam | PF03094 |
Mlo | Family | 11 | 471 | 5.3e-180 | 599.6 | Mlo family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。