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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000016

染色体: Chr08 坐标: 128420-131539 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000016
名称SmilChr08G000016
描述MLO-like protein 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向128420 - 131539 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999642
GeneID130999642
locus_tag-
NCBI NameLOC130999642
原始查询SmilChr08G000016

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MLO-like protein 1
产物MLO-like protein 1
ArabidopsisAT4G02600 (MLO1)
Seven transmembrane MLO family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828229]
identity=60.8; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0888600 (OsMLO5)
-
identity=61.3; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006952 (defense response); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF03094 (Mlo)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999642

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781219.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781219.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781219.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781219.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781219.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:128704 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 85 A10,A14,A15,A22,A24,A5,A6,B10,B100,B101,B105,B11,B112,B114,B118,B119,B12,B126,B128,B129,B134,B135,B137,B139,B22,B24,B25,B26,B27,B28,B34,B37,B41,B44,B49,B50,B51,B56,B6,B60,B62,B63,B64,B66,B67,B70,B75,B76,B79,B80,B82,B9,B95,B96,B99,C12,C13,C17,C20,C26,C29,C30,C36,C38,C42,C43,C45,C48,C5,C56,C58,C59,C62,C65,C67,C70,C72,C74,C78,C80,C9,D1,D11,D3,D8
Chr8:128709 AGT A 2bp_deletion frameshift_variant 85 A10,A14,A15,A22,A24,A5,A6,B10,B100,B101,B105,B11,B112,B114,B118,B119,B12,B126,B128,B129,B134,B135,B137,B139,B22,B24,B25,B26,B27,B28,B34,B37,B41,B44,B49,B50,B51,B56,B6,B60,B62,B63,B64,B66,B67,B70,B75,B76,B79,B80,B82,B9,B95,B96,B99,C12,C13,C17,C20,C26,C29,C30,C36,C38,C42,C43,C45,C48,C5,C56,C58,C59,C62,C65,C67,C70,C72,C74,C78,C80,C9,D1,D11,D3,D8
Chr8:129226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:129283 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B14,B73,C72
Chr8:129290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr8:129296 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 2 B106,B67
Chr8:129296 GGC G 2bp_deletion CDS_variant 2 B106,B67
Chr8:129302 G GGC 2bp_insertion frameshift_variant 2 B106,B67
Chr8:129302 G GGC 2bp_insertion CDS_variant 2 B106,B67
Chr8:129307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,D8
Chr8:129310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B67
Chr8:129834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781219.1
487 aa
N
1
244
487
Mlo
C
PF03094 Mlo 11-471 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781219.1 Pfam PF03094 Mlo Family 11 471 5.3e-180 599.6 Mlo family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925236.1
AGGAAACATCGATATCGACGAATGCGACAACCAAGATAAGAGCAAAACACATGACTTAAGGTTTAACATATTCATTAAAATTTTGCTCCTGGAAGTCTTCGTCAAATCAGCAATTTTGTGGACCTAAAGCATGATGCAAGTTGTCCGAAAAGAAGCTTATATACATAGAAACCATGGCTGCTTAATTGACTTTTTGTAGCTACTAAGAATTTAAATGAACATATAATTTTTTAAAGAAAAAAAAACAAAGGATTTCAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999642
ATGGCCGGCGGTGGAGGTGGCGGAGGAGAAGTGAGTTTGCAGTATACGCCGACGTGGGTGCTGGCGTTGGTGTGCACAGTCATCGTTGCCATCTCTTTGGCTGCAGAGAGACTCCTTCACTACACCGGCAAGTTCTTGGTGAAGAAAAAGCAATGGCCACTTTTCGAGGCGTTGCTCAAGATCAAGGAAGAGCTGATGTTGCTGGGATTCATATCTCTGCTGCTCACTGTTTTCCAAGACAGAATCAGCACAATATGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781219.1
MAGGGGGGGEVSLQYTPTWVLALVCTVIVAISLAAERLLHYTGKFLVKKKQWPLFEALLKIKEELMLLGFISLLLTVFQDRISTICIAQHLTYDWLPCKKVKDEDDGDGGAGHRRLLAAASDAPGHCELKGKAPLLSLKALHDLHIFIFVLAVVHVVFSALTILFGSLQIRQWKHWEDAIQKKEADPEQGQQAKVTHIHQHDFIRGRFLGIGKDLALLSWVHSFFKQFYGSVNELDYNTLRRGFINNHYRDNPKFNFYKY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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