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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000034

染色体: Chr08 坐标: 241929-246230 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000034
名称SmilChr08G000034
描述putative disease resistance protein At1g50180
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向241929 - 246230 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999661
GeneID130999661
locus_tag-
NCBI NameLOC130999661
原始查询SmilChr08G000034

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative disease resistance protein At1g50180
产物putative disease resistance protein At1g50180
ArabidopsisAT1G58390 (AT1G58390)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842208]
identity=31.6; qcov=1.03; evalue=1.67e-117; confidence=low
RiceOs02g0191000
-
identity=26.1; qcov=1.02; evalue=3.82e-67; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF13191 (AAA_16); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999661

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781243.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781243.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781243.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781243.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781243.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:242381 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,D7
Chr8:242408 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 2 A14,D7
Chr8:242408 AGC A 2bp_deletion CDS_variant 2 A14,D7
Chr8:242411 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 2 A14,D7
Chr8:242411 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 2 A14,D7
Chr8:242442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B79,D7
Chr8:242465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr8:242494 AGT A 2bp_deletion frameshift_variant 10 B117,B13,B6,B63,B70,C15,C24,C29,C62,C67
Chr8:242501 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 11 B117,B13,B6,B63,B70,C15,C24,C26,C29,C62,C67
Chr8:242513 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B53,B77,C42
Chr8:242513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B77,C42
Chr8:242517 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 13 B117,B13,B28,B6,B63,B70,B81,C15,C24,C26,C29,C62,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781243.1
928 aa
N
1
464
928
Rx_N
AAA_16
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 6-88 aa PF13191 AAA_16 166-287 aa PF00931 NB-ARC 170-347 aa PF23559 WHD_DRP 429-506 aa PF23598 LRR_14 566-898 aa
XP_057781244.1
928 aa
N
1
464
928
Rx_N
AAA_16
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 6-88 aa PF13191 AAA_16 166-287 aa PF00931 NB-ARC 170-347 aa PF23559 WHD_DRP 429-506 aa PF23598 LRR_14 566-898 aa
XP_057781245.1
928 aa
N
1
464
928
Rx_N
AAA_16
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 6-88 aa PF13191 AAA_16 166-287 aa PF00931 NB-ARC 170-347 aa PF23559 WHD_DRP 429-506 aa PF23598 LRR_14 566-898 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781243.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 6 88 6.6e-15 55.7 Rx N-terminal domain
XP_057781243.1 Pfam PF13191 AAA_16 Domain 166 287 8.6e-11 43.4 AAA ATPase domain
XP_057781243.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 170 347 3.1e-34 118.7 NB-ARC domain
XP_057781243.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 429 506 2.2e-13 50.7 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781243.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 566 898 8.6e-30 104.4 Leucine-rich repeat region
XP_057781244.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 6 88 6.6e-15 55.7 Rx N-terminal domain
XP_057781244.1 Pfam PF13191 AAA_16 Domain 166 287 8.6e-11 43.4 AAA ATPase domain
XP_057781244.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 170 347 3.1e-34 118.7 NB-ARC domain
XP_057781244.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 429 506 2.2e-13 50.7 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781244.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 566 898 8.6e-30 104.4 Leucine-rich repeat region
XP_057781245.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 6 88 6.6e-15 55.7 Rx N-terminal domain
XP_057781245.1 Pfam PF13191 AAA_16 Domain 166 287 8.6e-11 43.4 AAA ATPase domain
XP_057781245.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 170 347 3.1e-34 118.7 NB-ARC domain
XP_057781245.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 429 506 2.2e-13 50.7 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781245.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 566 898 8.6e-30 104.4 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093558.1
ATAAGTGTGTTGTTTTATATTTTCAATCTCATTTGCACTAAAAAAAAAATGATTTAAAATTGCCTACAAATCAATATTGATGTGTCAATTTTTTTTGACTTTATACTCATTTTCTAACTATTTATTAAATGTTGTGTCGCGCAAACCATGCACACCATTGAAGGGTAGTTGTACCAACCAGCTTTAAATTACGACCACAAGTTCCTTATCCTTTTATTCCTCTTTATCTTTACTAATTTACTTCACTCTCACCACTACCA...
XR_009093559.1
ATAAGTGTGTTGTTTTATATTTTCAATCTCATTTGCACTAAAAAAAAAATGATTTAAAATTGCCTACAAATCAATATTGATGTGTCAATTTTTTTTGACTTTATACTCATTTTCTAACTATTTATTAAATGTTGTGTCGCGCAAACCATGCACACCATTGAAGGGTAGTTGTACCAACCAGCTTTAAATTACGACCACAAGTTCCTTATCCTTTTATTCCTCTTTATCTTTACTAATTTACTTCACTCTCACCACTACCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130999661
ATGGCAGAAGCAGTCGCGTCAATGGCTCTAGAAACCTTGCGCGATTTGTTGTTGGAAGAAGCACGCTTTTTATCCGGTGTTGACGGTGAAGTGAGGCAGCTCCGGAAACAGCTCGAACAGATGACATGTCTGCTCGAAGATGCTGCCAGAAAACGACATGAAAGCAAAATCTTTGTCAAATTGACGTCCGAGGTCAGAGATCTTGTGTACGAAGCGGAAGCTGCCATTGAAAGACACGCAGCTTATCAAGTGTGTTCAAG...
LOC130999661
ATGGCAGAAGCAGTCGCGTCAATGGCTCTAGAAACCTTGCGCGATTTGTTGTTGGAAGAAGCACGCTTTTTATCCGGTGTTGACGGTGAAGTGAGGCAGCTCCGGAAACAGCTCGAACAGATGACATGTCTGCTCGAAGATGCTGCCAGAAAACGACATGAAAGCAAAATCTTTGTCAAATTGACGTCCGAGGTCAGAGATCTTGTGTACGAAGCGGAAGCTGCCATTGAAAGACACGCAGCTTATCAAGTGTGTTCAAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057781243.1
MAEAVASMALETLRDLLLEEARFLSGVDGEVRQLRKQLEQMTCLLEDAARKRHESKIFVKLTSEVRDLVYEAEAAIERHAAYQVCSRRRRGLRQLIRRYSCTILEDGYSLHQLASEISQIKSDLGSVADKLMLAFGINIIDHGESSAASDNKKKITFPEFEIGDCFVGMEDELKQLRDLLKQDNEERVISVWGMGGSGKTTIAKKLYNETKSSFDLSAWVCISQQCQSFQSVWNDVLKQLEHQSRKGVSDEAQQIREDVT...
XP_057781244.1
MAEAVASMALETLRDLLLEEARFLSGVDGEVRQLRKQLEQMTCLLEDAARKRHESKIFVKLTSEVRDLVYEAEAAIERHAAYQVCSRRRRGLRQLIRRYSCTILEDGYSLHQLASEISQIKSDLGSVADKLMLAFGINIIDHGESSAASDNKKKITFPEFEIGDCFVGMEDELKQLRDLLKQDNEERVISVWGMGGSGKTTIAKKLYNETKSSFDLSAWVCISQQCQSFQSVWNDVLKQLEHQSRKGVSDEAQQIREDVT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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