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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000039

染色体: Chr08 坐标: 263971-265533 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000039
名称SmilChr08G000039
描述bidirectional sugar transporter NEC1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向263971 - 265533 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999665
GeneID130999665
locus_tag-
NCBI NameLOC130999665
原始查询SmilChr08G000039

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bidirectional sugar transporter NEC1-like
产物bidirectional sugar transporter NEC1-like
ArabidopsisAT2G39060 (SWEET9)
Nodulin MtN3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818492]
identity=60.9; qcov=0.863; evalue=8.79e-86; confidence=high
RiceOs11g0508600 (11N3)
-
identity=53.5; qcov=0.916; evalue=3.36e-86; confidence=high
GOGO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF03083 (MtN3_slv)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999665

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781252.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781252.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781252.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781252.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781252.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:264566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B84,C5
Chr8:264678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B108
Chr8:264703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr8:264791 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr8:265032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781252.1
249 aa
N
1
124
249
MtN3_slv
MtN3_slv
C
PF03083 MtN3_slv 12-97 aa PF03083 MtN3_slv 133-218 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781252.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 12 97 1.6e-52 176.2 Sugar efflux transporter for intercellular exchange
XP_057781252.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 133 218 1.6e-52 176.2 Sugar efflux transporter for intercellular exchange

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925269.1
ATTCCCACATTAAATTTCAAGTTTCATTGCAATATTTGTTTCAAGTATTCAAAGGAGCTTCACCCAAAATATTTGAAAAGAGGGACTAGAGAAGAATGGCTCTTTTTAGTGTGGAACACTTGGCTTTCATATTTGGCCTTCTAGGCAACATTGTATCATTCTTGGTATTCTTGGCACCTATGCCAACTTTCTACACAATTTGGAAGAGGAAATCATCGGAAGGGTTTCAAGCATTACCATATTCAGTTGCATTTTTCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999665
ATGGCTCTTTTTAGTGTGGAACACTTGGCTTTCATATTTGGCCTTCTAGGCAACATTGTATCATTCTTGGTATTCTTGGCACCTATGCCAACTTTCTACACAATTTGGAAGAGGAAATCATCGGAAGGGTTTCAAGCATTACCATATTCAGTTGCATTTTTCAGTGCTTCCTTGTTGTTATACTATGCTTTCCTTAAAACCGGTGCGTACATGATCATTACCATAAACGGCATTGGATGTTTCATCGAGACCGTTTACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781252.1
MALFSVEHLAFIFGLLGNIVSFLVFLAPMPTFYTIWKRKSSEGFQALPYSVAFFSASLLLYYAFLKTGAYMIITINGIGCFIETVYLLMYIIFAPKKSKLFTMGLIILFNVGGLGLVMAVSILAFHGDKRVSLVGWICCIFNLAVFVAPFSIMRRVIKTKSVEYMPFTLSFFLTLCATMWFFYGFFIKDYYIAFPNILGFLFGIAQMILYFVYKNAKKNDGMNLELEPSKDIEKNLSLEEAKDVEVVSK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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